数据集概述
本数据集围绕USDA绿豆种质资源在育种中的利用策略展开,包含爱荷华州绿豆面板的表型数据、基因分型数据、协变量文件等。通过筛选、表型鉴定和基因分型,挖掘与开花时间、株高等重要性状相关的遗传标记及候选基因,为美国中西部绿豆种植的品种改良提供资源。
文件详解
- Iowa_panel_mungbean.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含Accession(种质编号)、PlantName(植株名称)、Province_Country(省份/国家)、SeedCoatColor(种皮颜色)、SeedCoatAppearence(种皮外观)等字段,记录绿豆种质的基础信息。
- Pheno_data.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:压缩包文件,推测包含表型数据相关内容,如田间适应性性状(开花天数、株高、百粒重等)的观测记录。
- Imputed.tassel.G85.maf01.I498.diploid.hmp.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含rs#(SNP编号)、alleles(等位基因)、chrom(染色体)、pos(位置)等遗传标记信息,以及各绿豆种质(如PI164770、PI363315等)的基因分型数据。
- STRUCTURE_covariates_file.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 内容说明:协变量文件,推测包含用于群体结构分析的相关数据,如种质的遗传背景协变量信息。
适用场景
- 绿豆种质资源遗传多样性分析: 利用基因分型数据研究USDA绿豆种质的遗传多样性及群体结构。
- 绿豆重要农艺性状遗传解析: 通过关联分析挖掘与开花时间、株高、百粒重等性状相关的QTL及候选基因。
- 绿豆育种亲本选择: 依据表型数据筛选具有优良性状的种质资源,作为育种亲本。
- 美国中西部绿豆品种改良: 结合表型与遗传数据,为适应美国中西部种植的绿豆品种改良提供依据。