数据集概述
本数据集围绕哺乳动物X染色体基因内容展开研究,探讨单倍体表达导致的最大表达水平限制对X染色体基因内容的影响。通过ENCODE和FANTOM5项目数据验证假设,分析X染色体与常染色体基因的最大表达差异、逆转录事件相关表达变化及组织特异性表达特征,包含14个相关文件。
文件详解
- 数据文件(.txt、.csv、.xlsx)
- 基因表达数据文件:如
human.tissue.hCAGE.hg19.tpm.refgene.osc.txt(TXT格式)、raw_Z_Exp_Anc_L.csv(CSV格式),包含基因表达量(TPM值)、染色体位置、表达相关Z分数等字段
- 图表支撑数据文件:如
FigS3_data.txt(TXT格式)、Fig7_data.txt(TXT格式),为研究中的图表提供原始数据
- 补充表格文件:
SUPPLEMENTARY TABLES.xlsx(XLSX格式),包含研究相关的补充表格信息
- 说明性文件
- 实验说明文件:如
README_for_chicken.all_samples.galGal3.tpm.refgene.osc.txt(TXT格式),介绍样本及数据相关信息
- 其他文件
- 如
env_duplicator_base(无扩展名)等,可能为研究过程中的辅助文件
数据来源
论文“The constrained maximal expression level owing to haploidy shapes gene content on the mammalian X chromosome”
适用场景
- 哺乳动物X染色体基因研究:分析X染色体基因内容特征及表达限制机制
- 基因表达差异分析:对比X染色体与常染色体基因的最大表达水平差异
- 生物进化研究:探究单倍体表达对基因内容进化的影响
- 基因表达数据验证:验证ENCODE和FANTOM5项目数据在X染色体基因研究中的应用价值
- 组织特异性基因表达分析:研究不同组织中X染色体基因的表达特征