数据集概述
本数据集包含支持论文《澳大利亚广泛分布淡水鱼西方鲤鱼棒鲈(Eleotridae: Hypseleotris klunzingeri)的系统地理学:隐存种、杂交带与强种内分化》的基因组、同工酶和mtDNA数据集及分析文件,由Unmack等人提交至PeerJ期刊,共6个文件,涵盖原始与过滤后的数据格式。
文件详解
.phy格式文件(3个)
- 文件名称:klunz.snps.no.hybrids.phy.varsites.phy、klunz.cytb.all.half.phy、klunz.cytb.all.whole.phy
- 文件格式:.phy
- 字段映射介绍:包含单核苷酸多态性(SNPs)和细胞色素b(cytb)基因序列数据,分别对应无杂交个体的SNP变异位点、半长cytb序列、全长cytb序列的系统地理学分析基础数据
.rdata格式文件(2个)
- 文件名称:Unmack_etal_klunzingeri_SNPs_filtered_genlight_object_for_PCoA.rdata、Unmack_etal_klunzingeri_SNPs_raw_genlight_object.rdata
- 文件格式:.rdata
- 字段映射介绍:R语言环境下的genlight对象数据,分别为用于主坐标分析(PCoA)的过滤后SNP数据、原始SNP数据
.xlsx格式文件(1个)
- 文件名称:Unmack_etal_klunzingeri_allozymes_rawdata.xlsx
- 文件格式:.xlsx
- 字段映射介绍:西方鲤鱼棒鲈同工酶原始数据表
数据来源
论文“Phylogeography of a widespread Australian freshwater fish, western carp gudgeon (Eleotridae: Hypseleotris klunzingeri): cryptic species, hybrid zones and strong intra-specific divergences”
适用场景
- 淡水鱼类系统地理学研究:分析西方鲤鱼棒鲈的地理种群结构、隐存种分化及杂交带分布特征
- 分子遗传学数据分析:利用SNPs、mtDNA和同工酶数据开展种群遗传多样性、遗传分化研究
- 生物信息学方法应用:基于genlight对象数据进行主坐标分析(PCoA)等种群遗传结构可视化分析
- 进化生物学研究:探究澳大利亚淡水鱼类的种内分化机制与地理隔离对物种演化的影响