数据集概述
本数据集围绕细趾蝾螈（Batrachoseps）的物种树推断展开，包含22个物种的5个核基因与1个线粒体基因数据，用于分析推断方法、种群取样及基因取样对物种树拓扑结构的影响，为研究不同方法在实证数据中的表现提供支持。
文件详解
- 分析脚本与说明文件：
- README_for_MPEST_BootstrapScripts.txt（TXT格式）：MP-EST自举分析脚本的使用说明文档
- MPEST_BootstrapScripts.zip（ZIP格式）：MP-EST自举分析所需的脚本压缩包
- 数据文件：
- Jockuschetal_SuppTableS1_Final.xls（XLS格式）：补充数据表S1
- Jockuschetal_GeneAlignments_nexusFiles.zip（ZIP格式）：基因序列比对的NEXUS格式文件压缩包
- Jockuschetal_89Individual_6Gene_StrictClock_StarBEAST.xml（XML格式）：StarBEAST分析的XML配置文件
- 结果文件：
- Jockuschetal_SpeciesTrees_Fig2.tre（TRE格式）：图2对应的物种树文件
- Jockuschetal_SuppFigS1-S6Trees_nexusFormat.zip（ZIP格式）：补充图S1-S6物种树的NEXUS格式文件压缩包
- 文档与引物文件：
- SupplementalFigures_S1-S7.pdf（PDF格式）：补充图S1-S7文档
- Jockuschetal_BatrachosepsSpeciesTrees_Primers_SuppTable2.pdf（PDF格式）：物种树引物及补充表2文档
适用场景
- 系统发育学研究：分析不同物种树推断方法对实证数据的适用性
- 分子进化分析：探究基因取样、种群取样对物种树拓扑结构的影响
- 生物信息学方法验证：验证*BEAST、STEM、MP-EST等方法在实际数据中的表现差异
- 两栖动物进化研究：细趾蝾螈属物种间亲缘关系及物种组划分的验证与分析
- 基因渗入研究：分析线粒体基因及核基因（如RAG1）在物种树推断中的杠杆效应及潜在基因渗入现象
