数据集概述
本数据集为研究须腹菌属（Rhizopogon）与黄杉属（Pseudotsuga）外生菌根共生关系的基因组规模序列分型（GSST）数据，包含核苷酸序列比对、系统发育树文件、基因座坐标文件及相关分析脚本，支持共生演化与共迁移研究。
文件详解
- 系统发育树文件:
- RAxML_bipartitions_ITS_alignment.tre: TRE格式，包含ITS比对序列的RAxML系统发育树结果
- individual_trees_Mesquite-projectfile_MP-EST.nex: NEX格式，MP-EST分析用的单个基因树Mesquite项目文件
- 序列比对文件:
- RAxML_final_superAlignment.fasta: FASTA格式，GSST生成的串联超级序列比对结果
- individual_alignments_phylip.tar.gz: GZ压缩包，包含MP-EST分析用的963个基因座单独比对文件（PHYLIP格式）
- 基因座坐标文件:
- GSST_loci_coordinates.gff3: GFF3格式，记录GSST挖掘的基因座在基因组组装中的坐标信息
- 分析脚本文件（Perl格式）:
- blast_sequence_extractor.pl: 提取BLAST序列的脚本
- superaligner.pl: 生成超级序列比对的脚本
- cluster_ref_extractor.pl: 提取聚类参考序列的脚本
- insert_intoAlignment.pl: 插入序列到比对文件的脚本
- exon_extractor.pl: 提取外显子序列的脚本
适用场景
- 外生菌根共生演化研究: 分析须腹菌属与黄杉属共生关系的进化起源
- 物种共迁移分析: 探究菌根真菌与宿主植物的地理共分布模式
- 基因组规模序列分型方法应用: 验证GSST技术在低覆盖度基因组数据中的适用性
- 系统发育分析工具开发: 基于提供的脚本优化或扩展相关生物信息学分析流程
