数据集概述
本数据集聚焦芽囊原虫ST1株(Blastocystis sp. ST1)的水平基因转移(LGT)候选基因,包含其系统发育树构建结果及功能域组成分析,为研究该寄生虫基因水平转移的进化机制提供可视化数据支持。
文件详解
该数据集包含一个PDF格式的文档文件,具体如下:
- 文件名称: Eme_etal_SupplementalPhylogenies.pdf
- 文件格式: PDF (.pdf)
- 文件内容:
- 左侧展示ML系统发育树(中点根化),仅显示超快速 bootstrap支持值≥70的节点
- 序列标记:芽囊原虫同源序列为红色,其他为黑色;末端彩色方块代表门水平分类(蓝绿色=细菌、紫色=古菌、三文鱼色=真核生物)
- 右侧显示Genbank注释及通过hmmscan推断的功能域组成(域大小和位置),无功能域检测(e值>10e-3)标记为“?”
- 页面左上角标识符对应表S1中的基因座编号
适用场景
- 寄生虫分子进化研究:分析芽囊原虫ST1株水平基因转移事件的进化背景
- 功能基因组学:探究水平转移候选基因的功能域组成及其潜在生物学功能
- 微生物遗传学:验证芽囊原虫与其他生物类群间的基因交流机制
- 系统发育分析:辅助构建芽囊原虫相关基因的进化关系树