数据集概述
本数据集围绕野生醋栗番茄（Solanum pimpinellifolium）展开，包含140份野生材料的基因组变异数据（6830个单核苷酸多态性位点）及对应的气候、地理等非生物环境数据，通过冗余分析等方法量化基因组变异与环境、地理的关系，探究该物种局部适应的遗传基础及关键非生物选择因子。
文件详解
- 基因型数据文件
- 文件名称：
Spim_gea_genotypes.bcf.gz
- 文件格式：BCF.GZ（压缩的二进制变异调用格式）
- 字段映射介绍：包含140份野生番茄材料的6830个单核苷酸多态性（SNP）位点的基因型信息，用于分析基因组水平的遗传变异
- 环境数据文件
- 文件名称：
abiotic_environmental_data.xlsx
- 文件格式：XLSX（Excel表格）
- 字段映射介绍：包含与野生番茄材料对应的非生物环境变量数据，涵盖气候、地理等驱动种群分化的关键环境因子
适用场景
- 植物基因组适应性研究：分析野生番茄基因组变异与非生物环境的关联，探究局部适应的遗传基础
- 环境选择因子识别：通过多变量统计方法，识别驱动野生番茄种群分化的关键气候、地理等非生物选择压力
- 作物遗传资源挖掘：为栽培番茄品种改良提供野生近缘种环境适应性的遗传资源参考
- 基因组环境关联分析：验证非生物环境对植物基因组分化的驱动作用，构建物种适应性进化模型
