数据集概述
本数据集是论文“UNDERSTANDING LADDERANE LIPIDS PACKING IN ANAMMOX BACTERIA MEMBRANES”的支持数据，包含通过密度泛函理论（DFT）和分子动力学（MD）模拟分析厌氧氨氧化细菌膜中梯形烷脂质（[3][3]LA、[5][3]LA）与常规脂质（DMPC、POPC）相互作用的结果，涉及非共价相互作用、膜模型模拟、氘代序参数等内容，共8个文件。
文件详解
- 文档类文件（.docx格式）
- 文件名称：
Supporting Information-Apr2025.docx、xyz_DFT_coordinates-monomers-vacuum-h2o-octanol.docx、xyz_DFT_coordinates-dimers-vacuum-h2o-octanol.docx
- 内容说明：包含支持信息全文、DFT优化的单体（[3][3]LA、[5][3]LA、DMPC）和二聚体（[5][3]LA、DMPC）在真空、水、正辛醇环境下的xyz坐标数据
- 分子动力学轨迹文件（.xtc格式）
- 文件名称：
63_3LA__semiisotropic.xtc、63_3LA_isotropic_100ns.xtc
- 内容说明：63%[3][3]LA-37%POPC膜自组装的半各向同性、各向同性轨迹数据（无溶剂和离子）
- 分子动力学拓扑文件（.pdb格式）
- 文件名称：
63_3LA_isotropic.pdb、63_3LA_semiisotropic.pdb
- 内容说明：63%[3][3]LA-37%POPC膜各向同性、半各向同性模拟的拓扑结构数据
- 分子动力学快照文件（.gro格式）
- 文件名称：
37_3_3_md_isotropic_snapshot.gro
- 内容说明：37%[3][3]LA-63%POPC膜模型（含溶剂和离子）的各向同性模拟快照数据
数据来源
Zenodo（DOI: 10.5281/zenodo.15719799）
适用场景
- 膜脂质结构生物物理研究: 分析梯形烷脂质与常规脂质的非共价相互作用及堆积特性
- 厌氧氨氧化细菌膜功能机制研究: 探究梯形烷脂质对膜完整性和稳定性的作用
- 分子动力学模拟验证: 用于膜模型模拟结果的复现与拓展分析
- 脂质-环境相互作用分析: 研究不同环境（真空、水、正辛醇）对脂质结构的影响
