数据集概述
本数据集围绕非洲泡沫巢树蛙(Chiromantis rufescens)展开,通过系统发育地理推断和种群统计模型测试,分析其在西非和中非几内亚-刚果雨林中的分化模式。包含线粒体DNA、单核苷酸多态性数据及种群分化模型测试结果,涉及130个样本,共6个文件。
文件详解
- 基因序列与结构文件
- 文件名称:
16s.nex
- 文件格式:NEX
- 字段映射介绍:包含16S线粒体DNA基因序列数据,用于种群系统发育分析
- 文件名称:
chiro121_7326.str
- 文件格式:STR
- 字段映射介绍:种群结构分析相关数据,记录样本的单核苷酸多态性(SNP)标记信息
- 元数据与配置文件
- 文件名称:
chiro.xml、rufi.xml
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:数据集元数据文件,包含样本信息、实验参数及分析配置说明
- 统计分析结果文件
- 文件名称:
geographicSFS.zip、phylogeneticSFS.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内含地理分布频谱(SFS)和系统发育频谱数据,用于种群分化模型测试与基因流分析
数据来源
论文“Exploring rainforest diversification using demographic model testing in the African foam-nest treefrog (Chiromantis rufescens)”
适用场景
- 雨林生物多样性研究:分析几内亚-刚果雨林物种的地理分化模式与森林避难所效应
- 种群遗传学研究:通过线粒体DNA和SNP数据解析树蛙种群结构与遗传多样性
- 生物地理模型验证:测试种群分化模型(如基因流、种群大小变化、隔离与二次接触)
- 气候变化与物种分布研究:结合物种分布模型识别气候稳定区,探讨冰期避难所对物种分化的影响