自由能代码中集体变量微分方法数据集

数据集概述

本数据集围绕分子动力学模拟中自由能重构方法的集体变量（CVs）微分问题展开，提供符号微分与代码生成、自动代码微分两种解决方案，以简化新CVs的开发流程，并包含一个聚合物局部曲率半径CV的实现示例。

文件详解

• 文件名称：plumed2-automatic-gradients-modules.tar.gz
• 文件格式：.gz（压缩归档文件）
• 内容说明：包含用于实现集体变量微分方法的代码模块，具体文件结构需解压后查看，可能涉及SymPy（符号微分）、Stan Math（自动微分）相关代码及PLUMED 2库的CV实现模板。

适用场景

• 分子动力学模拟研究：优化自由能重构方法中集体变量的开发效率
• 计算化学工具开发：为PLUMED 2等库提供CVs微分的自动化解决方案
• 计算机代数与自动微分应用：探索符号计算与自动微分技术在科学计算中的实践
• 聚合物模拟分析：以局部曲率半径CV为例，支持相关结构特性的模拟研究