-
核孔复合体Nup84亚复合体建模脚本数据集
数据集概述 该数据集包含用于核孔复合体Nup84亚复合体建模的脚本文件，展示如何结合IMP、MODELLER、PMI工具，利用286个DSS/EDC化学交联数据和电子显微镜2D类平均图像进行结构建模，提供了从组件初始结构生成到整体复合体建模的流程支持。 文件详解 分子动力学轨迹文件（.dcd格式）：...
-
SARS_CoV_2_Mpro下一代抑制剂分子动力学模拟数据集
数据集概述 该数据集为期刊文章配套的分子动力学模拟数据，围绕SARS-CoV-2 Mpro下一代抑制剂研究，包含初始坐标与最终输出的PDB文件及模拟输入压缩包，支持相关药物机制分析。 文件详解 PDB格式文件（共48个）： 初始坐标文件：如mpro-FD3-32_initial_coordinate.pdb、mpro-...
-
细胞色素bc1复合物Qo位点氧化还原激活质子转移冗余网络数据集
数据集概述 该数据集包含细胞色素bc1复合物Qo位点的初始分子构型文件与示例脚本，用于复现相关研究论文的结果。文件涵盖分子结构文件、数据文件、说明文档及代码脚本，支持使用pDynamo3库进行分子动力学模拟分析。 文件详解 该数据集包含九个文件，具体说明如下： - 说明文档： - README.pdf：PDF格式，提供数据集说明文档 -...
-
BenchStab蛋白稳定性突变预测比较数据集
数据集概述 本数据集为BenchStab工具配套数据，用于独立评估18种基于结构和4种基于序列的蛋白稳定性突变预测工具。数据来自FireProtDB的单点突变实验ΔΔG值，经UniRef50和SCOP聚类去重后得到289条记录，包含36种蛋白，其中约百分之二十八为稳定突变。 文件详解 文件名称: dataset.csv 文件格式: CSV 字段映射:...
-
AlphaFold在变质蛋白质上的应用数据集
数据集概述 本数据集包含用于AlphaFold在变质蛋白质研究的五组蛋白质结构相关文件，涵盖蛋白质结构模型文件、可视化图片及压缩包，为研究变质蛋白质的结构预测与分析提供数据支持。 文件详解 压缩包文件: Application-of-AF-on-metamorphic-proteins.zip: ZIP格式压缩包，可能包含数据集的完整文件集合...
-
LANA_ET_AFSample模型_排序置信度与NMR引导评分数据集
数据集概述 本数据集包含LANA_ET目标的AFSample建模结果、排序置信度数据及NMR引导评分数据，提供模型文件、分析用数据文件和精选高评分模型，支持相关生物信息学分析。 文件详解 LANA_ET_processed.zip：压缩文件，包含针对该目标的AFSample 1和2建模生成的PDB格式模型文件...
-
受限支持的金亲合作用数据集
数据集概述 本数据集包含超分子笼（1892128、H、B1-B4、B10）和金配合物（G、G2、1-4）的处理后结构数据文件，以及通过pyKVFinder计算的空腔体积和尺寸参数，为研究受限环境下的金亲合作用提供结构与计算数据支持。 文件详解 文件名称: Aurophilic-Dataset.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容:...
-
俄勒冈州哥伦比亚县Rock_Creek晚始新世Keasey组深海甲烷渗漏同位素数据表2
数据集概述 该数据集为《美国俄勒冈州哥伦比亚县Rock Creek晚始新世Keasey组深海甲烷渗漏》研究中的表2数据，包含沉积物样本和有孔虫（Globobulimina auriculata、G. pacifica、Uvigerina cocoaensis）的同位素数据，记录了碳同位素（δ13C % PDB）和氧同位素（δ18O %...
-
牙龈卟啉单胞菌T9SS组分复合物的AlphaFold2预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含通过AlphaFold2预测的牙龈卟啉单胞菌IX型分泌系统（T9SS）核心膜复合物相关结构数据，涉及PorK-PorN二聚体、PorK-PorN环、PorM二聚体与PorL五聚体复合物、PorK与PorM结构域2-4二聚体复合物等多种复合物的预测结构，为研究T9SS核心膜复合物的组成与功能提供结构基础。 文件详解...
-
酵母拓扑异构酶I与Rpc82相互作用数据集
数据集概述 该数据集围绕酵母拓扑异构酶I（Top1）与Rpc82的相互作用展开，包含分子结构预测模型、分子对接数据、模拟数据及说明文档，为研究两者的分子互作机制提供数据支持。 文件详解 README.txt:...
-
胆固醇对膜影响的非普遍性研究数据集
数据集概述 本数据集包含原子分子动力学模拟的设置文件、参数文件及后处理分析用的修改轨迹，围绕胆固醇对膜的流动性、曲率感知和弹性的非普遍性影响展开，对应2023年发表于《Nature Comm.》的研究。 文件详解 压缩文件： Membrane-...
-
SARS_CoV_2刺突蛋白与宿主受体复合物补充结构模型
数据集概述 该数据集包含SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域（RBD）与215种动物ACE2受体结合的结构模型（PDB格式），以及人类TMPRSS2的结构模型。模型通过FunMod流程构建，为研究病毒跨物种感染机制提供结构数据支持。 文件详解 文件名称: ACE2_TMPRSS2_structural_models.zip 文件格式:...
-
细胞色素P450_2C8无配体结合结构及葡糖醛酸苷相互作用实验数据集
数据集概述 本数据集包含细胞色素P450 2C8（CYP2C8）的无配体结合晶体结构数据，以及其与氯吡格雷酰基葡糖醛酸苷、吉非罗齐酰基葡糖醛酸苷等配体的表面等离子体共振（SPR）和等温滴定量热法（ITC）相互作用实验数据，为研究CYP2C8的结构与配体结合特性提供支持。 文件详解 晶体结构文件：...
-
UBTR012574化学系列扩展数据集
数据集概述 该数据集围绕UBTR012574化学系列扩展展开，通过对接Enamine REAL数据库和SciFinder中的类似物化合物与USP5锌指泛素结合域，优先排序化合物，并使用表面等离子共振测定结合效力。 文件详解 分子结构与对接文件：...
-
人参皂苷G_Rg1的C_20葡萄糖基分子模拟数据集
数据集概述 本数据集包含针对人参皂苷G-Rg1的C-20葡萄糖基的分子对接与分子动力学模拟数据，围绕野生型及工程化DUase β-葡萄糖苷酶与底物的结合动态及构象变化展开，覆盖50纳秒模拟过程的关键时间点数据。 文件详解 文件名称：Simulation files-C20.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip） 压缩包内包含两个主文件夹：...
-
TernaryDB三元复合物数据集
数据集概述 该数据集是从蛋白质数据银行（PDB）中筛选出的22,303个三元复合物综合数据集，用于支持基于深度学习的靶向蛋白降解（TPD）复合物结构预测研究。 文件详解 文件名称: TernaryDB.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
-
纤维素活性AA10多糖单加氧酶氧化酶活性机制相关PDB结构数据集
数据集概述 本数据集包含论文《纤维素活性AA10多糖单加氧酶氧化酶活性机制》相关的PDB格式结构文件，主要为QM/MM优化后的所有中间体及过渡态结构，涵盖QM区域与完整酶结构。 文件详解 文件名称: pdbs.zip 文件格式: .zip（压缩包） 内容说明:...
-
番茄NRC分支辅助NLR免疫蛋白自活性在本氏烟prf突变体中无变化补充数据集
数据集概述 本数据集为研究番茄NRC分支辅助NLR免疫蛋白自活性在本氏烟prf突变体中变化的补充数据，包含系统发育分析、载体图谱、测序原始数据、细胞死亡量化数据及蛋白结构文件等5个补充数据集，以压缩包形式存储。 文件详解 Supplementary Dataset 1.zip：压缩文件，包含Prf分支的系统发育分析数据 Supplementary...
-
Alpha_synuclein_ColabFold_Based_α_突触核蛋白结构建模完整数据
数据集概述 本数据集包含通过ColabFold工具对野生型人类α-突触核蛋白（alpha-synuclein）及其Ser129Asp突变体进行结构建模的结果，涵盖蛋白质结构模型文件、建模日志、参考文献、预测精度评估图表等多种类型文件，为研究该蛋白质野生型与突变体的结构差异提供数据支持。 文件详解 该数据集包含多种类型的文件，具体说明如下： -...
-
BAZ2B与Zenobia片段库筛选的PanDDA分析交互式摘要数据集
数据集概述 本数据集为BAZ2B蛋白与Zenobia片段库筛选的PanDDA分析结果，提供交互式摘要页面。包含结构数据文件、图像文件、网页文件及相关脚本，支持对分子筛选结果的可视化与交互分析。 文件详解 交互式网页文件： 0_index.html：HTML格式，为数据集的交互式摘要入口页面，可点击访问完整分析内容...
