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拟南芥木质素生物合成扰动响应系统生物学数据
2026年2月1日 30 136 55
数据集概述 本数据集通过系统生物学方法研究拟南芥对木质素生物合成扰动的响应，分析了20个木质素生物合成途径单基因突变体的花序茎转录组和代谢组数据，包含566种检测化合物及差异表达基因信息，揭示木质素扰动后的代谢网络变化。 文件详解 文件名称：microarraydata_vanholme_etal_2012_tpc102574.xlsx...
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Hierarchy_Evolution_网络层级演化实验数据
2026年1月29日 30 67 53
数据集概述 本数据集包含研究网络层级演化起源的实验数据，聚焦连接成本对模块化和层级结构演化的影响。通过计算模拟验证连接成本如何推动网络同时形成模块化与层级结构，并提升性能和适应性。数据涵盖多组实验的结果及分析脚本，共10个文件。 文件详解 实验数据文件（共9个）...
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gapseq_Based_124种原养型细菌基因组代谢网络重建数据
2026年1月27日 30 69 6
数据集概述 本数据集包含124种可自养合成20种蛋白质氨基酸的细菌基因组的gapseq代谢网络重建结果，通过反应与通路预测、转运体预测、草稿网络构建、培养基预测及间隙填充等流程生成，因3个基因组在NCBI不可用未纳入，共1个压缩文件。 文件详解 文件名称：Gapseq_models.zip 文件格式：ZIP...
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Auxotrophy_Based_细菌生物合成基因丢失选择性优势研究数据
2026年1月22日 30 57 31
数据集概述 本数据集围绕细菌生物合成基因丢失的进化机制展开，包含949个代谢网络分析及大肠杆菌、贝氏不动杆菌20个营养缺陷型突变体与野生型的竞争实验原始数据，旨在揭示营养丰富环境中细菌基因组简化的适应性优势。 文件详解 文件名称：Selective_benefits_auxotrophy_raw_data.zip 文件格式：ZIP...
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酶底物分类SDRs和SAM甲基转移酶_SAM_MTases_酶底物分类数据集
2026年1月20日 30 189 188
数据集概述 本数据集包含358个短链脱氢酶/还原酶（SDRs）和953个S-腺苷甲硫氨酸依赖甲基转移酶（SAM-MTases）的序列信息、AlphaFold2模型三维结构及底物分类标签，支持酶底物分类研究，共14个文件。 文件详解 序列文件 文件名称：SDR_sequences.fasta、SAM_sequences.fasta 文件格式：FASTA...
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Cold_adaptation_Based_果蝇低温适应代谢网络稳健性研究数据
2026年1月19日 30 168 147
数据集概述 本数据集为果蝇低温适应相关代谢网络研究数据，包含实验室筛选的快速（耐寒）与慢速（易感）冷昏迷恢复品系的代谢物浓度测量结果，用于探究低温适应对代谢稳态及网络稳健性的影响，涉及膜脂合成、色氨酸代谢等多代谢通路的变化分析。 文件详解 文件名称：CCR times.xlsx 文件格式：XLSX...
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Combined_SupplementaryData_酿酒酵母与大肠杆菌代谢模型数据
2026年1月18日 30 125 27
数据集概述 本数据集包含酿酒酵母（Supplementary Data 1）和大肠杆菌（Supplementary Data 2）的组合热力学与化学计量代谢模型数据，共2个文件，用于微生物代谢研究相关分析。 文件详解 SupplementaryData1.xlsx 文件格式：XLSX 字段映射介绍：包含酿酒酵母的组合热力学与化学计量代谢模型相关数据...
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Plasticity_Epistasis_大肠杆菌代谢基因缺失适应性实验数据_2015
2026年1月14日 30 43 19
数据集概述 本数据集聚焦大肠杆菌代谢基因缺失后的适应性研究，记录了缺失1-3种氨基酸生物合成基因的突变株与野生型在不同碳源环境中的竞争适应性数据，用于分析可塑性和上位性对细菌适应性的影响，为理解细菌基因组精简机制提供实验依据。 文件详解 文件名称：Relative_fitness_Epistasis_Dsouza_et_al_2015.xlsx...
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Evolutionary_metabolomics_Data_四倍体小麦籽粒驯化代谢变化研究数据
2026年1月8日 30 46 22
数据集概述 本数据集聚焦四倍体小麦驯化过程中的代谢组变化，包含野生二粒小麦、二粒小麦、硬粒小麦三个亚种的51种初级籽粒代谢物含量数据，通过进化代谢组学方法分析驯化对代谢表型的选择效应，揭示不同驯化阶段（初级、次级）的代谢特征变化及代谢网络重构规律。 文件详解 文件名称：evolutionary metabolomics_data.xlsx...
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酿酒酵母基因组尺度代谢模型数据集
2025年12月19日 30 156 132
数据集概述 该数据集包含复现O. Oftadeh等人关于酿酒酵母基因组尺度代谢模型研究结果所需的模型与数据，模型整合了表达约束和反应热力学信息，为相关代谢研究提供基础数据支持。 文件详解...
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Acetobacterium_woodii代谢通路GPML文件数据集
2025年12月6日 30 59 58
数据集概述 本数据集为WikiPathways.org平台月度发布的内容，包含丙酮杆菌属（Acetobacterium woodii）代谢通路的GPML格式文件，以压缩包形式提供，用于通路信息的存储与交换。 文件详解 文件名称: wikipathways-20250810-gpml-Acetobacterium_woodii.zip 文件格式: ZIP...
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KEGG代谢关系网络数据集定向
2025年4月15日 30 29 7
KEGG代谢关系网络数据集定向 数据来源：互联网公开数据 标签：KEGG,代谢关系,生物分子相互作用网络,生物信息学,定向图,基因组学,代谢路径 数据概述： 本数据集来源于KEGG数据库，收录了生物分子间的代谢关系网络，具体包括代谢路径中的定向相互作用关系。数据集涵盖多种生物体的代谢途径，为研究生物分子间的相互作用提供了基础数据。 数据用途概述：...
