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真菌基因转移数据的基因组规模系统发育分析
2026年2月2日 30 133 78
数据集概述 本数据集为真菌基因组规模系统发育分析相关数据，包含基因家族选择、序列比对结果、基因树与物种树整合计算输出等内容，用于探究基因转移在真菌进化中的作用，支持比较基因组进化动力学研究，共含六个文件。 文件详解 README_for_TreeAConcatenate.txt 文件格式：TXT...
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孔雀鱼LG12性染色体基因组图谱及覆盖度数据
2026年2月1日 30 66 51
数据集概述 本数据集包含孔雀鱼（M. picta）LG12性别染色体对的遗传图谱与覆盖数据，基于多个自然种群的雌雄个体基因组序列，用于研究Y染色体遗传退化及基因丢失。数据涵盖性别鉴定的覆盖结果、雌雄与常染色体覆盖深度比分析文件，以及用于验证性别连锁的遗传标记基因型文件，共7个文件。 文件详解 文档类文件...
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Apoptosis_Network_Based祖先凋亡网络进化研究数据
2026年1月26日 30 57 4
数据集概述 本数据集围绕祖先凋亡网络的复杂性展开，基于对刺胞动物、线虫、昆虫、海胆、文昌鱼等无脊椎动物基因组的分析，揭示凋亡相关蛋白家族（如Apaf-1、Bcl-2、caspase）的进化历程，包括祖先多 paralog 现象、线虫/昆虫的基因丢失及脊椎动物的扩张，挑战了简单祖先网络的传统范式。 文件详解 序列与比对文件...
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Auxotrophy_Based_细菌生物合成基因丢失选择性优势研究数据
2026年1月22日 30 6 1
数据集概述 本数据集围绕细菌生物合成基因丢失的进化机制展开，包含949个代谢网络分析及大肠杆菌、贝氏不动杆菌20个营养缺陷型突变体与野生型的竞争实验原始数据，旨在揭示营养丰富环境中细菌基因组简化的适应性优势。 文件详解 文件名称：Selective_benefits_auxotrophy_raw_data.zip 文件格式：ZIP...
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NDH_Plant_Evolution_植物进化关键过渡与基因丢失研究数据
2026年1月21日 30 52 24
数据集概述 本数据集聚焦植物进化中NDH（NADH脱氢酶样）复合体的表达与基因丢失，分析其在陆生植物过渡、被子植物起源等关键进化节点的变化，以及松科、买麻藤类、兰科等类群中质体NDH基因与核编码亚基表达的协同丢失，探讨NDH在植物环境适应中的作用。 文件详解 归档文件 文件名称：alignments_for_phylogeny.zip 文件格式：ZIP...
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Mechanistic_Model_Based_植物非光合生活方式进化速率变化机制研究数据
2026年1月17日 30 9 3
数据集概述 本数据集为植物从自养向非光合寄生生活方式转变过程中质体基因组进化速率变化的机制模型相关数据，包含10个Excel数据文件及1个分析脚本压缩包，涉及进化速率、选择压力与基因丢失等分子进化特征分析，可支撑植物寄生生活方式进化机制的研究。 文件详解 数据文件（.xlsx格式，共10个）...
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Phytophthora_ramorum_Based_入侵森林病原体有丝分裂重组与基因组进化研究数据
2026年1月4日 30 149 58
数据集概述 本数据集来源于关于入侵森林病原体疫霉属（Phytophthora ramorum）的研究，聚焦其有丝分裂重组与基因组快速进化机制。研究通过107个基因组测序，分析该病原菌如何克服入侵遗传悖论，揭示非核心基因组加速进化、基因丢失及效应基因正选择等特征，为理解生物入侵适应性提供数据支持。 文件详解...
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Hybrid_Incompatibilities_Based_全基因组复制后基因丢失对物种形成率贡献研究数据
2025年12月29日 30 164 11
数据集概述 本数据集围绕全基因组复制后基因丢失对物种形成率的贡献展开研究，通过数学模型分析基因丢失与杂交不亲和性的关系，探讨其对物种形成的影响机制。数据集包含研究相关的代码和数据集文件，共4个文件，支持对物种形成过程中基因与生态因素作用的分析。 文件详解 文档文件（document_files） 文件名称：README_for_Code.txt...
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多标签树基因树和解解析多倍体事件数据集
2025年12月20日 30 9 6
数据集概述 该数据集为基因树和解算法研究的补充材料，聚焦多倍体事件解析。算法适配多标签树（MUL-trees），可准确识别异源多倍体亲本谱系、区分多倍体类型并统计基因复制与丢失事件，通过模拟数据及酵母、小麦真实数据验证，为多倍体物种基因组演化研究提供支持。 文件详解 文件名称: Tables_S1-5.xlsx 文件格式: XLSX 内容说明:...
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多基因座多物种溯祖模型与基因家族进化数据集
2025年12月15日 30 178 129
数据集概述 该数据集围绕“多基因座多物种溯祖”（MLMSC）模型展开，该模型是一种用于分析基因家族进化的新模型，整合了不完全谱系分选（ILS）与基因复制、转移、丢失（DTL）的相互作用，为基因树与物种树的模拟和推断提供框架。 文件详解 数据文件： 文件名称：hemiplasy_data.xlsx 文件格式：Excel（.xlsx）...
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SimPhy系统发育基因组模拟软件相关数据集
2025年12月15日 30 110 57
数据集概述 该数据集包含与SimPhy软件相关的补充材料，SimPhy是用于模拟基因、基因座和物种树进化的系统发育基因组模拟软件，可模拟不完全谱系分选、基因复制与丢失等导致物种树与基因树不一致的过程。 文件详解 文件名称：appendix1.pdf 文件格式：PDF 内容：可能包含SimPhy软件的附录说明文档，提供额外的技术细节或补充信息...
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节肢动物化学感觉相关基因家族进化历史数据集
2025年12月15日 30 125 95
数据集概述 本数据集围绕节肢动物门化学感觉相关基因（CRG）家族的进化历史展开，包含多类支持文件。通过整合新节肢动物基因组、转录组及桡足类（如近亲真宽水蚤）的基因组数据，分析CRG家族的起源、扩张与丢失，为理解节肢动物化学感觉系统的演化提供基础数据。 文件详解 补充材料文档：...
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基于贝叶斯方法的侧向基因转移分析数据集
2025年12月11日 30 122 23
数据集概述 本数据集包含基于贝叶斯MCMC方法分析侧向基因转移（LGT）的研究相关数据。该方法整合基因复制、丢失、LGT及序列进化，应用于柔膜菌纲和蓝细菌的全基因组分析，为理解LGT在原核生物进化中的作用提供支持。 文件详解 文件名称: si.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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脊椎动物烟碱型乙酰胆碱受体进化数据集
2025年12月4日 30 12 0
数据集概述 该数据集聚焦脊椎动物烟碱型乙酰胆碱受体（nAChR）的进化研究，通过序列系统发育、染色体同线性及内含子位置分析，揭示其基因家族从脊椎动物祖先到现生类群的扩张与丢失过程，为理解该受体家族复杂性的起源提供数据支持。 文件详解 系统发育树文件： Maximum likelihood tree nAChR gene...
