数据集概述
本数据集为真菌基因组规模系统发育分析相关数据，包含基因家族选择、序列比对结果、基因树与物种树整合计算输出等内容，用于探究基因转移在真菌进化中的作用，支持比较基因组进化动力学研究，共含六个文件。
文件详解
- README_for_TreeAConcatenate.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明文件夹内容，包括用于串联分析的基因家族、基因家族比对结果、Gblock输出，及Final_files文件夹下的最终串联比对文件（fasta和phylip格式）、Gblock清洗后的比对结果、PhyML生成的树等信息
- CountSessions.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：可能包含Count方法（基因树无关方法）分析过程中的会话数据，用于建模基因复制、获得和丢失以解释基因组基因数量
- speciestrees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含物种树相关数据，用于与基因树进行整合分析
- TreeAConcatenate.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：可能包含基因树串联分析相关数据，如基因树构建、串联过程的中间结果等
- ALEcyano.tar.gz
- 文件格式：GZ
- 字段映射介绍：包含ALE方法（基因树感知方法）针对蓝细菌的分析数据，用于将基因树与物种树协调，建模基因复制、丢失和转移
- ALEFungi.tar.gz
- 文件格式：GZ
- 字段映射介绍：包含ALE方法针对真菌的分析数据，用于将基因树与物种树协调，建模基因复制、丢失和转移
适用场景
- 真菌基因组进化研究: 分析基因转移在真菌进化中的作用，验证真核生物中基因转移的影响程度
- 系统发育方法比较: 对比Count（基因树无关）和ALE（基因树感知）两种方法在推断基因转移等基因组进化事件中的优劣
- 物种树与基因树整合分析: 利用ALE方法数据研究基因树与物种树的协调机制
- 基因家族进化动力学分析: 通过Count方法数据建模基因复制、获得和丢失的动态过程
- 分类抽样影响评估: 探究分类抽样对基因转移等进化事件推断结果的影响
