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Phylogenetic_Comparative_Methods_多变量系统发育比较方法评估数据
2026年1月8日 30 116 33
数据集概述 本数据集围绕多变量系统发育比较方法展开，评估现有方法的数学性质与适用性。内容涵盖全多变量似然法、分维度汇总法、成对复合似然法等方法的性能分析，指出不同方法在性状维度、协变水平等场景下的优劣，为相关研究提供方法选择参考。 文件详解 文档文件（document_files） 文件名称：README_for_SuppMaterial-...
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Agent_Based_Model_Source_牡蛎中病原菌积累_海洋聚集体相关细菌贡献研究数据
2026年1月6日 30 184 78
数据集概述 本数据集基于主体模型，研究海洋聚集体相关细菌对牡蛎中病原菌（如弧菌）积累的贡献。模拟覆盖细菌和聚集体浓度的真实范围，纳入假粪产生对颗粒物的依赖。数据展示聚集体附着细菌的贡献与游离细菌浓度的强相关性，为理解双壳类病原菌摄取机制提供依据。 文件详解 README文档 文件名称：README_for_Transport of bacteria...
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Benchmarking_Biological_Systems_ODE模型数值积分方法基准测试补充数据2020
2025年12月28日 30 110 68
数据集概述 本数据集是论文《Benchmarking of numerical integration methods for ODE models of biological systems》的补充数据，包含支持研究复现的脚本、数据文件及代码。核心内容为生物系统ODE模型数值积分方法的基准测试相关资源，可用于复现研究中的模型编译、分析执行及图表生成。...
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GraphDTA事后分析脚本数据集
2025年12月23日 30 148 5
数据集概述 该数据集包含用于复现GraphDTA论文事后分析的脚本文件，以压缩包形式存储，为验证或扩展相关研究提供工具支持。 文件详解 文件名称：GraphDTA-post-hoc.zip 文件格式：ZIP（.zip） 内容说明：压缩包内包含复现GraphDTA论文事后分析所需的脚本文件，具体脚本内容需解压后查看 适用场景...
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系统发育多样性损失与随机树模型数据集
2025年12月23日 30 207 30
数据集概述 本数据集围绕系统发育多样性（PD）损失展开研究，通过三参数随机树模型分析拓扑结构、分支深度与灭绝风险对PD损失的影响，提出"危险区"参数范围及蒙特卡洛推断算法，并应用于鸟类支系数据验证。 文件详解 代码文件（.r格式）： InferenceFunctions.R：包含用于推断模型参数（β、α、η）的蒙特卡洛算法代码...
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PROTAC虚拟筛选回顾性筛选实验数据集
2025年12月26日 30 108 56
数据集概述 该数据集围绕PROTAC虚拟筛选的回顾性实验展开，测试虚拟筛选方法能否指导PROTAC设计。包含相关实验文档与脚本，为研究PROTAC活性预测提供数据支持。 文件详解 文件名称：190906_Zenodo.pdf 文件格式：PDF 内容说明：可能包含PROTAC虚拟筛选回顾性实验的研究文档、实验方法或结果报告...
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ModelOMatic系统发育模型比较数据集
2025年12月20日 30 202 102
数据集概述 本数据集包含ModelOMatic程序的附录文档，该程序用于快速自动化比较RY、核苷酸、氨基酸和密码子四种不同类型的系统发育替换模型。通过引入适配器函数实现跨数据类型的模型选择，支持分子系统发育研究中模型评估的效率提升。 文件详解 文件名称: Whelan_ModelOMaticAppendix.pdf 文件格式: PDF (.pdf)...
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位点与谱系异质性下不变量与经典四元组推断数据集
2025年12月19日 30 202 159
数据集概述 本数据集围绕位点与谱系异质性下的系统发育四元组推断展开，包含相关研究的附录文档、代码说明及数据压缩包，为比较不变量方法与经典系统发育重建方法（如邻接法、最大似然法）的性能提供数据支持。 文件详解 README_for_Erik2.txt:...
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PRMT6_RBM39_R_Based_蛋白质相互作用研究原始数据完整集合
2025年12月18日 30 162 92
数据集概述 本数据集包含与PRMT6-RBM39-R相关的R代码文件及原始数据文件，整体以压缩包形式存储，未进行训练测试、数据标签或原始/处理数据的划分，为相关研究提供基础数据支持。 文件详解 文件名称: RBM39-PRMT6-R 3.zip 文件格式: ZIP压缩包（.zip） 内容说明:...
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宿主特征驱动浮游植物病毒生活史数据集
2025年12月18日 30 86 54
数据集概述 该数据集围绕浮游植物病毒生活史展开，收集了七十五株病毒的爆发量、潜伏期、基因组大小等核心特征数据，分析宿主基因组大小、生长率等特征对病毒生活史的驱动机制，为理解病毒进化及生态功能提供数据支持。 文件详解 文件名称: model.example.code.amnat.R，文件格式: R脚本（.r），内容:...
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系统发育模型与异质替代率测试数据集
2025年12月23日 30 37 34
数据集概述 该数据集包含用于测试系统发育模型层级的代码与数据，聚焦于解决DNA替代过程随进化历史变化时标准马尔可夫模型的数学不一致问题，对比Lie Markov模型与GTR模型的性能表现。 文件详解 文档类文件： README.txt：TXT格式，说明数据集包含的代码、数据及论文关联信息，提及软件为研究用途开发...
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用于基准测试aseQC的人工污染ASE数据集
2025年12月23日 30 3 0
数据集概述 本数据集是为基准测试aseQC工具生成的人工污染ASE数据，通过向40个GEUVADIS样本系统性掺入"污染者"样本的RNA-seq读数，在20个污染阈值下模拟RNA-seq与基因分型不匹配情况。 文件详解 文件名称: PejLab/Contaminated_ASE-preprint-aseQC.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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结构化宿主_寄生虫种群多重感染与毒力_抗性共进化数据集
2025年12月23日 30 94 53
数据集概述 该数据集为研究结构化宿主-寄生虫种群中多重感染与毒力-抗性共进化的补充材料，包含用于分析计算、图形生成的代码文件及附录文档，支持相关研究的复现与扩展。 文件详解 Mathematica Notebook.nb：Mathematica格式文件，用于分析计算、数值计算及图形生成 RScript for Coevolutionary...
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链球菌pyogenes治疗相关的GapN依赖NADPH供应抑制剂研究数据集
2025年12月23日 30 83 25
数据集概述 本数据集包含德国罗斯托克大学医学中心和海德堡理论研究所分别生成的实验原始数据与建模数据，是研究论文的配套数据子集，用于支撑论文图表的结果呈现，涵盖生物学重复值及统计分析基础数据。 文件详解 文件名称: experimental_data.xlsx 文件格式: XLSX 内容说明:...
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LICHEN_基于重链和实验需求的轻链免疫球蛋白序列生成数据集与模型权重
2025年12月23日 30 149 124
数据集概述 本数据集包含用于机器学习的清洁配对人类抗体序列数据，以及LICHEN模型的权重文件，支持基于重链和实验需求的轻链免疫球蛋白序列生成研究。 文件详解 文件名称: Model.zip：压缩文件，包含LICHEN模型的权重数据 文件名称: Data.zip：压缩文件，包含清洁后的配对人类抗体序列数据 适用场景...
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宿主_寄生虫祖先互作的贝叶斯推断数据集
2025年12月23日 30 157 151
数据集概述 本数据集围绕宿主-寄生虫共进化历史的贝叶斯推断方法展开，包含模型模拟代码、系统发育数据文件及补充文档，支持研究宿主范围演化的复杂性（如宿主的获得与丢失），并应用于34种蛱蝶与25个被子植物科的互作历史分析。 文件详解 代码文件: Rscript_simulation.R、Rscript_empirical.R:...
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甲烷球菌属苹果酸脱氢酶热适应与潜在变构关联数据集
2025年12月23日 30 174 44
数据集概述 本数据集为研究论文《Unraveling the link between thermal adaptation and latent allostery in malate dehydrogenase from...
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大肠杆菌SIM超分辨率预测数据集与CARE模型_DeepBacs
2025年12月23日 30 42 25
数据集概述 该数据集包含活的、膜标记大肠杆菌细胞的宽场与SIM超分辨率配对荧光图像，用于训练和测试从宽场图像预测SIM图像的模型，同时提供训练好的CARE模型，支持显微镜图像超分辨率研究。 文件详解 模型压缩文件：DeepBacs_Model_Super-resolution_prediction_E.coli.zip，ZIP格式，包含训练好的CARE...
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通道视紫红质C1C2_ChR2和iChloC的孔道开放与离子传导机制模拟输入数据集
2025年12月23日 30 167 137
数据集概述 本数据集包含用于分子动力学（MD）模拟的输入文件，围绕通道视紫红质C1C2、ChR2和iChloC的孔道开放与离子传导机制展开，提供模拟所需的初始配置及参数。 文件详解 文件名称：MDdata.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip） 文件内容：包含分子动力学模拟运行所需的起始配置文件和全部必要参数文件 适用场景...
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LPMO家族系统发育分析数据集
2025年12月23日 30 7 4
数据集概述 本数据集是论文"Profile Comparer Extended: phylogeny of LPMO families using profile hidden Markov model alignments"的补充数据，包含可搜索的系统发育树PDF文件和序列数据Excel表格，为LPMO家族系统发育研究提供支持。 文件详解 文件名称:...
