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Density_based_Many_body_Expansion_多肽与蛋白质密度基多体展开数据集_配套研究
2025年12月27日 30 179 75
数据集概述 本数据集为论文《The density-based many-body expansion for polypeptides and proteins》的配套数据，包含用于测试计算的结构文件、绘图脚本及输入脚本，支持复现论文中的计算与图表生成。 文件详解 压缩包文件 文件名称：dataset-zenodo-v2.zip 文件格式：ZIP...
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nmpro_x1311_PDB_5RFG_SARS_CoV_2_主蛋白酶与_PCM_0102372_复合物的原始衍射数据
2025年12月27日 30 150 116
数据集概述 本数据集包含SARS-CoV-2主蛋白酶与小分子PCM-0102372复合物的原始衍射数据，对应ID为mpro-x1311及PDB编号5RFG。数据由Diamond Light Source的i04-1光束线在XChem晶体学片段筛选实验中采集，原始数据可供重新分析使用。 文件详解 文件名称：mpro-x1311.zip 文件格式：ZIP...
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大鼠Arc蛋白与RNA相互作用及核酸伴侣功能研究数据集
2025年12月13日 30 105 61
数据集概述 本数据集包含支持大鼠Arc蛋白与RNA相互作用及核酸伴侣（NAC）活性研究的原始和处理数据，通过微量热泳动（MST）、NAC活性测定、RNA三维结构建模及蛋白-RNA复合物对接等方法获取，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 文件名称:...
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O_Buß与S_Jager补充数据集_β_酮酯酶水解HTS测定的统计评估
2025年12月25日 30 157 136
数据集概述 本数据集是O.Buß与S.Jager关于β-酮酯酶水解高通量筛选（HTS）测定统计评估研究的补充数据，包含计算用PDB结构文件、统计分析R脚本、活性测定校准数据及实验用酶的SDS-PAGE凝胶图片，为相关研究提供原始数据支持。 文件详解 该数据集包含5个文件，具体说明如下： - 统计分析R脚本压缩包: - 文件名称:...
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约束测试文件数据集
2025年12月9日 30 44 12
数据集概述 本数据集包含约束回归测试相关的文件，主要由行业基准系统和T4溶菌酶轨迹两部分组成，为约束测试的验证与分析提供数据支持。 文件详解 该数据集包含两个压缩文件，具体说明如下： - industry_benchmark_systems.zip:...
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Nudix超家族功能进化数据集
2025年12月23日 30 17 3
数据集概述 该数据集围绕Nudix超家族蛋白功能进化展开，整合了205个Nudix蛋白的实验与结构数据，修正并补充了基因本体注释，构建了序列比对与系统发育树，分析了水解酶基序下游环区的结构功能关系，揭示功能辐射的结构基础及系统发育规律。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 代码文件: - 3DCOMB_alignment.py:...
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Dan_Richmond_PhDThesis_Based_分子结构研究论文数据完整集合
2025年12月23日 30 11 7
数据集概述 该数据集为Dan Richmond博士论文的数据存储库，包含5,6-Tryp的PDB文件及分类图的HTML文件，共四个文件，支持论文相关研究分析。 文件详解 56Tryp.pdb：PDB格式文件，可能为5,6-Tryp相关的分子结构数据文件 FullClusterKrona.html：HTML格式文件，可能为全聚类分类图的可视化文件...
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C21ORF2与NEK1疾病突变域相互作用ColabFold建模原始输出数据集
2025年12月23日 30 101 70
数据集概述 本数据集为论文配套的ColabFold建模原始输出，核心内容是C21ORF2蛋白与NEK1疾病突变域相互作用的结构预测结果，包含蛋白质结构模型文件、评估图表及相互作用残基列表，为研究两者功能关联提供结构数据支持。 文件详解 蛋白质结构模型文件（共5个，PDB格式）：...
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CaVβ与肌动蛋白相互作用表面映射及钙通道清除作用HADDOCK对接数据集
2025年12月23日 30 116 53
数据集概述 本数据集包含HADDOCK蛋白质-蛋白质对接数据，用于构建CaVβ与F-肌动蛋白复合物模型，核心围绕两者相互作用表面映射及钙通道清除作用展开，为相关分子机制研究提供数据支持。 文件详解 该数据集为压缩文件，内部包含四个子文件夹，具体说明如下： - 压缩文件: Cavbeta-...
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RNA_Benchmark_Based_RNA基准数据集完整数据
2025年12月23日 30 69 29
数据集概述 本数据集为RNA相关基准数据，包含预测、CT等关键词相关内容，由六个压缩文件组成，覆盖序列、结构、多序列比对及预测结果等数据类型，为RNA研究提供基础数据支持。 文件详解 压缩文件集（共6个，均为.zip格式）： fasta.zip：可能包含RNA序列相关的FASTA格式文件...
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UBTR012574化学系列扩展数据集II
2025年12月22日 30 209 188
数据集概述 该数据集围绕UBTR012574化学系列的扩展展开，包含针对USP5锌指泛素结合域（ZnF-UBD）的分子对接模拟数据，用于优先化合物合成的研究。 文件详解 UBTR012574.pdb：PDB格式文件，可能为UBTR012574的分子结构数据...
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组蛋白变体H2A_Z转录调控的结构机制支持性数据集
2025年12月22日 30 41 4
数据集概述 本数据集是关于组蛋白变体H2A.Z转录调控结构机制研究的支持性数据，包含分子坐标、冷冻电镜图谱及验证报告等文件，为相关研究论文评审提供数据支撑。 文件详解 该数据集包含6个文件，具体说明如下： - 分子坐标文件: - 7M1X.pdb: PDB格式文件，存储H2A.Z核小体的分子坐标数据。 - 冷冻电镜图谱文件（.mrc格式）: -...
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嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺电场下硝酸盐截留增强分子动力学模拟数据集
2025年12月21日 30 43 7
数据集概述 本数据集包含用于研究嵌段比例优化阳离子聚丙烯酰胺在电场下增强硝酸盐截留性能的分子动力学模拟数据及输入文件，涵盖平衡分子动力学（EMD）和非平衡分子动力学（NEMD）模拟的配置、力场和参数文件，支持复现相关研究结果。 文件详解 该数据集为压缩包格式，内部包含两个核心目录： - EMD/ 目录（平衡MD模拟，GROMACS软件）： -...
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大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖合成研究数据集
2025年12月21日 30 194 190
数据集概述 本数据集是关于大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖（LPS）合成的科学研究伴随数据，包含蛋白质相互作用、结构预测、质谱分析等实验结果，支持解析ObgE与LpxA相互作用对LPS合成及细胞生长的调控机制。 文件详解 该数据集包含94个文件，覆盖多种实验数据类型，具体如下： - 结构数据文件： -...
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Munc18_1_syntaxin_1a复合物构象变化探索数据集
2025年12月20日 30 37 21
数据集概述 本数据集围绕Munc18-1与syntaxin 1a复合物的构象变化研究，包含荧光各向异性、凝胶过滤、天然凝胶等实验数据，以及蛋白质结构文件和实验结果图片，为相关分子机制研究提供原始数据支持。 文件详解 文档与文本类文件： README_M18_confchange.rtf：RTF格式的说明文档，可能包含数据集背景、实验方法等信息...
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肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂计算机辅助筛选数据集
2025年12月19日 30 192 27
数据集概述 本数据集为基于计算机辅助筛选的肉毒杆菌神经毒素潜在解毒剂研究数据，包含三十五种源自NSC1012结构的配体与A、B、E、F型肉毒杆菌神经毒素催化域的分子对接结果，以及药物代谢动力学（ADME）性质分析数据，为开发肉毒中毒解毒剂提供候选化合物基础。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下： - 分子结构与对接结果文件： -...
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FMP或N_FMP与FAPα分子对接模拟数据集
2025年12月19日 30 90 41
数据集概述 该数据集包含FMP和N-FMP与FAPα的分子对接模拟数据，旨在揭示FMP较长自降解连接子提升对FAPα响应性的机制。通过MolAICal 1.3软件进行模拟，对比两者与FAPα的氢键相互作用差异，验证FMP更优的酶动力学特性。 文件详解 文档与说明文件： README.md：Markdown格式，数据集概述文档...
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基于肽模拟物的FDA批准化合物抑制IRE1活性模拟数据集
2025年12月19日 30 30 24
数据集概述 该数据集包含甲氨蝶呤、头孢哌酮、亚叶酸和叶酸与IRE1相互作用的对接及分子动力学（MD）模拟数据，涉及IRE1激酶位点（Lys599）和核糖核酸酶位点（Lys907）的2D相互作用图谱，为研究化合物抑制IRE1活性提供数据支持。 文件详解 文件名称: README.txt，格式:...
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FireProtDB与PDB结构蛋白质稳定性数据集
2025年12月19日 30 120 10
数据集概述 本数据集整合FireProtDB的序列突变热力学稳定性数据（ddG）与RCSB PDB的蛋白质结构文件，用于训练预测蛋白质点突变稳定性变化的模型。包含3438个突变数据及对应结构，支持蛋白质工程与结构生物学研究。 文件详解 压缩包文件： fireprot_upload.zip：压缩包格式，包含数据集所有内容 目录与子文件：...
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木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物浸泡的补充单晶X射线衍射结构数据集
2025年12月19日 30 205 18
数据集概述 本数据集包含木瓜蛋白酶晶体与天然产物配体混合物（主要为环氧基半胱氨酸蛋白酶抑制剂E-64类似物）浸泡后的单晶X射线衍射结构，提供结构坐标、结构因子及初步验证报告，因配体密度不足未存入PDB，现作为补充数据公开。 文件详解 文件名称：papain_cocktails_XRD_no-dep_FigS12.zip 文件格式：ZIP压缩包...
