数据集概述
本数据集围绕蛋白质侧链构象异质性展开,通过多构象建模分析743对严格匹配的晶体学数据集(未结合/apo与配体结合/holo状态),探究配体结合对蛋白质构象异质性的影响,包括结合位点与远端残基的刚性/柔性变化、配体性质与蛋白质柔性的关联,以及CDK2抑制剂结合结构的构象异质性传播规律。
文件详解
- 文件名称:Supplementary_Table2.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含Apo(未结合状态PDB ID)、Apo_Res(未结合状态分辨率)、Holo(结合状态PDB ID)、Holo_Res(结合状态分辨率)、Ligand(配体ID)、RMSD_outlier(RMSD异常值)、Ligand_Overlap(配体重叠度)等字段,记录匹配数据集的基础信息与结构参数。
- 文件名称:SupplementaryTable1.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:推测为支持研究的补充表格,可能包含数据集匹配标准、样本筛选流程或基础统计信息(具体字段未提供预览)。
- 文件名称:Supplementary_Table_3.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:推测为补充分析表格,可能包含配体性质(氢键数量、疏水性)与蛋白质柔性关联的统计数据或CDK2抑制剂结合结构的构象异质性分析结果(具体字段未提供预览)。
- 文件名称:qFit_PDBs
- 文件格式:无扩展名(推测为PDB文件集合)
- 字段映射介绍:包含通过qFit方法建模的蛋白质构象异质性PDB文件,记录蛋白质侧链的多构象信息。
适用场景
- 蛋白质结构生物学研究:分析配体结合对蛋白质侧链构象异质性的调控机制,探究构象柔性与刚性的平衡关系。
- 药物研发:基于配体性质(氢键、疏水性)与蛋白质柔性的关联,优化药物分子设计以提升结合亲和力。
- 生物信息学分析:利用多构象建模数据,开发预测配体结合后蛋白质构象变化的计算模型。
- 分子动力学研究:结合晶体学数据与构象异质性结果,验证分子动力学模拟中的蛋白质动态行为假设。