数据集概述
本数据集围绕肌动蛋白解聚因子/丝切蛋白(ADF/CFL)基因家族的密码子进化系统发育模式展开,包含动植物谱系中该基因家族的序列、系统发育树、模型拟合结果及图表相关文件,用于研究基因家族多样化的进化动力,共12个文件。
文件详解
- 说明文档(README)
- 文件名称:README_for_PlantFigure3and4.rtf、README_for_AnimalFigure3and4.rtf
- 文件格式:RTF
- 字段映射介绍:分别说明植物、动物ADF/CFL基因家族分析中生成图表3和4的Excel文件(含fitmodel输出)相关信息。
- 序列文件
- 文件名称:TranslatedOriginal.fas、TranslatedPRANK.fas
- 文件格式:FAS
- 字段映射介绍:包含ADF/CFL基因家族的翻译序列数据。
- 系统发育树文件
- 文件名称:PlantADFPhylo.nwk、AnimalPhylo.newick、AnimalPhylo.txt
- 文件格式:NWK、NEWICK、TXT
- 字段映射介绍:记录植物、动物ADF/CFL基因家族的系统发育树结构信息;其中AnimalPhylo.txt含NEXUS格式的DNA序列矩阵(ntax=60,nchar=495)。
- 模型拟合结果文件
- 文件名称:AnimalFitmodel.txt、PlantADFFitmodel.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:存储动植物ADF/CFL基因家族进化模型拟合的结果数据。
- 图表数据文件
- 文件名称:AnimalFigure3and4.xlsx、PlantFigure3and4.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含生成动植物ADF/CFL基因家族进化分析图表3和4的相关数据。
适用场景
- 分子进化研究:分析ADF/CFL基因家族密码子进化的系统发育模式,探究进化动力。
- 基因功能多样化分析:通过选择压力(dN/dS)等数据,研究ADF/CFL蛋白新功能角色的演化。
- 动植物谱系比较研究:对比动植物中ADF/CFL基因家族的表达模式与进化差异。
- 进化模型验证:利用模型拟合结果,验证ADF/CFL基因家族进化的相关计算模型。