数据集概述
本数据集为硬骨鱼类载脂蛋白D（ApoD）基因簇扩展研究的配套数据，包含基因序列、蛋白结构、转录组数据、表达谱、引物序列及选择压力分析结果，支持研究基因复制、簇维持与新功能形成，共6个文件。
文件详解
- Additional_file_1_ML_tree_alignment.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：包含构建最大似然（ML）树的序列比对数据，记录基因序列的比对信息
- Additional_file_2_predicted_ApoD_genes_across_phylogeny.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内为跨系统发育预测的ApoD基因数据，包含不同物种的ApoD基因预测结果
- Additional_file_3_PDBfiles_cluster_analyses.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内为PDB文件及聚类分析数据，包含蛋白三维结构文件与聚类结果
- Additional_file_4_PAML_branch_site_model.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内为PAML分支位点模型分析数据，记录基因选择压力分析结果
- Additional_file_5_raw_transcriptomic_data_information_and_gene_expression_profiles.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含原始转录组数据信息与基因表达谱，记录基因表达量等转录组相关数据
- Additional_file_6_qPCR primer sequences.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含qPCR引物序列数据，记录实验所用引物的序列信息
数据来源
标题为“Data from: Cluster expansion of apolipoprotein D (ApoD) genes in teleost fishes”的研究
适用场景
- 鱼类基因进化研究: 分析硬骨鱼类ApoD基因簇的扩展模式与进化机制
- 蛋白结构功能分析: 利用PDB文件研究ApoD蛋白三维结构与功能的关系
- 基因表达谱分析: 通过转录组数据探究ApoD基因在不同组织的表达特征
- 分子进化模型验证: 使用PAML模型结果验证基因复制后的选择压力变化
- 实验设计参考: 基于qPCR引物序列开展相关基因表达验证实验
- 进化发育模型研究: 以ApoD基因簇为模型，研究基因复制与新功能形成的规律
