数据集概述
本数据集围绕鞭尾蜥蜴属孤雌生殖与有性生殖物种的线粒体基因组展开研究，通过分析七种孤雌生殖和五种有性生殖物种的全线粒体基因组，验证孤雌生殖导致非同义替代积累的假设。数据集包含基因序列比对、进化模型文件等66个文件，用于支持dN/dS比率估算及相关进化分析。
文件详解
- 基因序列比对文件
- 格式：.fasta、.mdsx、.phy
- 内容：包含23个.fasta格式、22个.mdsx格式及13个.phy格式的线粒体基因比对文件，如atp8_alignment.fasta、cox1.phy等，覆盖不同线粒体基因的序列比对结果
- 进化分析模型与结果文件
- 格式：.zip
- 内容：包含twoRatio_internalNterminal_branches.zip、CDS_tree.zip等6个压缩包，存储进化树文件、dN/dS分析模型（如null_model_oneRatio.zip、alternative_model_twoRatio.zip）及相关统计测试文件（如4ratioTest.zip）
- 时间树生成文件
- 文件名称：GTRI_relaxlognorm_BD_uniformboth_20milgen.xml
- 格式：.xml
- 内容：用于生成时间树的XML格式配置文件
- 说明文件
- 文件名称：README_file.txt
- 格式：.txt
- 内容：数据集相关说明文档
数据来源
论文“Parthenogenesis doubles the rate of amino acid substitution in Whiptail mitochondria”
适用场景
- 进化生物学研究：分析孤雌生殖与有性生殖物种线粒体基因组的非同义替代率差异，验证性选择对突变积累的影响
- 分子进化模型验证：利用dN/dS比率估算结果，测试不同进化模型（如null_model_oneRatio、alternative_model_twoRatio）的适用性
- 线粒体基因进化分析：基于atp6、cox1等线粒体基因的比对文件，研究特定基因在孤雌生殖谱系中的进化模式
- 生物信息学方法应用：通过.fasta、.phy等格式文件的处理与分析，探索孤雌生殖物种基因组数据的分析流程与技术方法
