数据集概述
本数据集提供非模式物种群体基因组学研究的替代策略数据，包含876个大西洋银汉鱼个体条形码样本的低覆盖度全基因组测序方案及分析结果。通过高效文库构建（单样本成本约6.5美元）和无参考基因组的转录组映射方法，获取250万余个SNP的群体等位基因频率、个体基因型可能性等数据，支持群体遗传结构与进化分析。
文件详解
- 代码文件：RemoveSequencesFromFastq.py，格式为.py，用于从Fastq文件中移除特定序列的脚本工具
- 统计文件：QC_Stats_Therkildsen_and_Palumbi.xlsx，格式为.xlsx，包含测序质量控制统计数据
- 流程说明文件：Commands for running the pipeline，无文件扩展名，记录运行生物信息学分析流程的命令集
适用场景
- 非模式物种群体基因组学研究：利用低覆盖度测序数据开展群体遗传结构、基因流等分析
- 进化基因组学分析：通过SNP数据探究物种适应性进化、选择压力等进化机制
- 基因组测序成本优化研究：参考高效文库构建方案（单样本总成本低于50美元）优化测序实验设计
- 线粒体基因组分析：基于低覆盖度数据重构完整线粒体基因组，研究群体 colonization 模式等地理遗传结构
- 生物信息学流程开发：借鉴无参考基因组的转录组映射方法及低覆盖度数据分析工具开发新流程
