数据集概述
本数据集包含用于大规模生物多样性评估的自动化DNA条形码植物鉴定流程相关数据，涉及数据库构建、序列聚类、系统发育重建等步骤，以psbA-trnH标记为研究对象，结合系统发育与表型方法优化分类鉴定流程，并通过尼加拉瓜季节性干旱森林样本验证了方法的高效性与可靠性。
文件详解
- README_for_BAGpipeAlignments.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含BAGpipe鉴定流程（步骤2.8）生成的psbA-trnH标记Mafft（E-INS-i）比对说明，涉及查询组与同源GenBank序列的比对命名规则、GenBank序列的登录号及分类ID标记规则等内容。
- BAGpipeAlignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩文件，包含BAGpipe流程生成的psbA-trnH标记序列比对文件，每个比对文件包含一个查询组及其同源GenBank序列。
- NicaraguanSDTFDatabase_psbAtrnH_Seqs.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含尼加拉瓜季节性干旱森林植物psbA-trnH标记的部分本地参考数据库序列，用于支持DNA条形码分类鉴定流程的测试与验证。
数据来源
论文“Automated DNA-based plant identification for large-scale biodiversity assessment”
适用场景
- 热带森林生物多样性评估: 用于大规模植物样本的DNA条形码自动化分类鉴定，提升生物多样性调查效率。
- DNA条形码分类方法优化: 分析系统发育与表型方法结合在稀疏参考数据库下的分类鉴定效果，优化参数设置。
- 植物标记基因应用研究: 基于psbA-trnH标记序列，研究其在植物分类鉴定中的适用性与可靠性。
- 生物信息学流程开发: 参考BAGpipe流程的构建策略，开发适用于其他标记或类群的序列鉴定工具。
- 濒危生态系统植物监测: 利用自动化鉴定流程，对尼加拉瓜季节性干旱森林等濒危生态系统的植物样本进行高效分类与监测。
