数据集概述
本数据集围绕子囊菌大型地衣皮层中的担子菌酵母展开，包含研究相关的序列文件、系统发育树文件、分析脚本及结果文件等，共31个文件。数据支持揭示地衣共生系统中担子菌酵母的存在及其与地衣表型的关联，挑战传统“一地衣一真菌”范式。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明数据集包含的比对文件和树文件，关联论文作者、标题及联系方式，概述数据内容
- 系统发育树文件
- 文件名称示例：FigS4_Dikary39.1calConcat_lnrootP_sample.chronogram.tre、Fig2A_FigS3A_Dikary39.NOcal_lnrootP_sample.chronogram.tre、SuperTREE_IC.MRE.39tax.58loci.CON75percent.tre等
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：包含系统发育树结构信息，记录物种或基因序列的进化关系
- 序列比对文件
- 文件名称示例：39Dikary.58loci.CONCAT.phy、A_ITS_all_red_mafft_replaced_cut.nexus、C_LSU_all_red_mafft_replaced_cut.nexus等
- 文件格式：PHY、NEXUS、FAS、FA等
- 字段映射介绍：包含基因序列比对结果，涉及ITS、SSU、LSU等不同基因区域
- 分析脚本文件
- 文件名称示例：03_collapse_to_longest.py、002_get_orfs_from_longest_seqs.py、01_count_SNPs_extended_version.py等
- 文件格式：PY、R
- 字段映射介绍：包含Python和R语言编写的分析脚本，用于序列处理、SNP计数、进化树构建等分析步骤
- 结果文件
- 文件名称：all_master_work_wSNPs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含带SNP信息的综合数据，记录实验分析的关键结果
数据来源
论文“Basidiomycete yeasts in the cortex of ascomycete macrolichens”（Science in revision, 08 June 2016）
适用场景
- 地衣共生系统研究：分析地衣皮层中担子菌酵母的存在及其与地衣表型的关联，验证“一地衣多真菌”共生模式
- 微生物系统发育分析：利用序列比对和系统发育树文件，研究担子菌酵母的进化关系
- 基因序列分析：通过序列文件和分析脚本，开展基因序列处理、SNP计数等生物信息学分析
- 地衣表型关联研究：探索担子菌酵母丰度与地衣表型变异的相关性
- 生物信息学方法应用：参考分析脚本，学习地衣相关微生物组的生物信息学分析流程
