病毒基因组与CRISPR基因编辑实验数据集VirusGenomeandCRISPRExperimentData-malinaqvi
数据来源:互联网公开数据
标签:病毒基因组, CRISPR, 基因编辑, 数据分析, 机器学习, 病原体, 基因测序, 生物信息学
数据概述:
该数据集包含病毒基因组序列信息以及CRISPR基因编辑实验数据。主要特征如下:
时间跨度:基因组序列数据记录时间跨度不明确,实验数据的时间信息依赖于原始实验记录。
地理范围:基因组数据来源于全球范围内的病毒样本,实验数据可能与特定实验室或研究机构相关。
数据维度:数据集包括两部分:
BVBRC_genome_sequences.csv:包含病毒基因组的详细信息,如基因组ID、名称、分类学信息、基因组质量、测序信息、宿主信息、地理位置等。
Data_high_dosage.csv:包含CRISPR基因编辑实验数据,记录了spacer序列、转录本、剂量(ng)以及平均靶向效率等。
数据格式:
BVBRC_genome_sequences.csv为CSV格式,包含多个字段,便于基因组数据的分析。
Data_high_dosage.csv为CSV格式,包含与CRISPR实验相关的变量。
CNN_model.weights.h5和NN_model.weights.h5:为H5格式,是预训练的神经网络模型权重文件,用于支持基因编辑相关分析。
来源信息:数据来源于公开的基因组数据库和CRISPR实验记录,具体来源信息需要进一步核实。已对数据进行了标准化和清洗。
该数据集适合用于病毒基因组学、CRISPR基因编辑、生物信息学和机器学习等领域的研究。
数据用途概述:
该数据集具有广泛的应用潜力,特别适用于以下场景:
研究与分析:适用于病毒基因组进化分析、CRISPR基因编辑靶点选择、基因编辑效率预测、以及病毒与宿主相互作用的研究。
行业应用:可应用于病毒检测、疫苗研发、基因治疗技术开发等领域。
决策支持:为基因编辑策略的制定、病毒防控措施的优化提供数据支持。
教育和培训:作为生物信息学、分子生物学、以及机器学习课程的辅助材料,帮助学生和研究人员深入理解基因组学和基因编辑技术。
此数据集特别适合用于探索病毒基因组特征与CRISPR编辑效率之间的关系,以及构建预测模型,帮助用户优化基因编辑策略、加速研究进展。