数据集概述
本数据集基于517份Boechera stricta全基因组重测序数据,研究其基因组变异的进化机制,识别出长期平衡选择和古老多态性分化分选驱动的遗传多样性与群体分化特征,包含基因组变异数据、样本地理信息及分析脚本三类文件。
文件详解
- Boechera_stricta.snp.gz
- 文件格式:GZ
- 字段映射介绍:Boechera stricta全基因组重测序得到的单核苷酸多态性(SNP)数据压缩文件,包含基因组变异位点信息
- Geographical_location_of 517_samples.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:517份Boechera stricta样本的地理分布信息表,记录样本采集位置等地理数据
- script.py.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:用于计算群体间Fst、Dxy、Pi和Da等群体遗传学指标的Python脚本文件,包含数据分析代码逻辑
数据来源
论文“Ancient polymorphisms contribute to genome-wide variation by long-term balancing selection and divergent sorting in Boechera stricta”
适用场景
- 植物基因组进化研究:分析Boechera stricta基因组变异的进化机制,探究长期平衡选择对遗传多样性的影响
- 群体遗传学分析:利用SNP数据和地理信息,研究群体分化、遗传结构及基因流模式
- 分子生态学研究:结合样本地理分布,分析环境适应性与基因组变异的关联
- 生物信息学方法应用:参考脚本文件中的分析流程,开展类似物种的群体遗传学指标计算与解读