数据集概述
本数据集包含早期分支蕨类植物Botrychium lunaria的转录组相关文件，用于精细解析其群体结构。涵盖CRY2cA序列比对、肽序列、直系同源群序列比对、模型测试及系统发育树构建等7个压缩文件，支持属级系统发育和群体结构研究。
文件详解
- File_S1_CRY2_alignment.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：用于推断属级系统发育的Botrychium CRY2cA序列比对文件
- File_S2_peptide.sequences.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：用于推断直系同源群的肽序列文件，命名参考表S1
- File_S3_orthogroups.alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：用于推断系统发育基因组学的直系同源群序列子集比对文件
- File_S4_modeltesting.files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：modeltest-ng输出文件，按直系同源群名称命名
- File_S5_raxmlng.trees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：raxml-ng输出文件，按直系同源群名称命名
- File_S6_astral.tree.full.annotation.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：astral树的完整注释输出文件
- File_S7_vcf.filtered.file.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：过滤后的VCF文件，用于群体结构分析
适用场景
- 蕨类植物系统发育研究: 利用CRY2cA序列比对和直系同源群数据，分析Botrychium属及早期分支蕨类的系统发育关系
- 群体遗传学分析: 通过过滤后的VCF文件，精细解析Botrychium lunaria的群体结构和遗传多样性
- 基因组进化研究: 基于直系同源群序列和系统发育树，探究蕨类植物基因组的进化模式
- 分子模型优化: 利用modeltest-ng输出文件，选择适合蕨类植物序列分析的最佳分子进化模型
- 转录组数据应用: 结合肽序列和系统发育基因组学数据，开展蕨类植物功能基因组学研究
