数据集概述
本数据集为论文“Population-level transposable element expression dynamics influence trait evolution in a fungal crop pathogen”的补充表格集合，包含10张表格，覆盖真菌作物病原菌转座子（TE）的基因组定位、插入多态性、表达水平、连锁不平衡、毒力性状关联及代谢物变异等关键信息，支持病原菌分子遗传学与性状演化研究。
文件详解
- 文件名称：Supplementary tables.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含10张补充表格，具体内容如下：
- Supplementary Table S1：参考基因组IPO323中转座子在基因元件及转录起始位点上下游10kb窗口的基因组定位
- Supplementary Table S2：病原菌种群中转座子插入多态性（TIPs），0表示转座子缺失，1表示存在
- Supplementary Table S3：种群内基因表达水平（log转换RPKM值）
- Supplementary Table S4：个体中转座子位点特异性转录本丰度（FPKM值）
- Supplementary Table S5：参考基因组IPO323中各转座子家族的表达拷贝百分比及种群内各转座子家族的表达拷贝百分比
- Supplementary Table S6：基因组中转座子插入多态性与邻近600bp内单核苷酸多态性（SNPs）的连锁不平衡
- Supplementary Table S7：毒力相关性状（PLACP：分生孢子器覆盖叶面积百分比）与转座子插入多态性的全基因组关联分析
- Supplementary Table S8：病原菌种群中个体分离株的代谢物峰变异
- Supplementary Table S9：基因组中与代谢物峰强度变异显著关联的转座子插入多态性（经Bonferroni阈值过滤）
- Supplementary Table S10：RNAseq reads的SRA登录号列表
数据来源
论文“Population-level transposable element expression dynamics influence trait evolution in a fungal crop pathogen”
适用场景
- 真菌病原菌分子遗传学研究：分析转座子的基因组定位、插入多态性及表达特征，探究其分子遗传机制
- 作物病害毒力演化研究：通过转座子与毒力性状（PLACP）的关联分析，揭示病原菌毒力演化的遗传基础
- 病原菌代谢组学研究：利用代谢物峰变异数据，结合转座子插入多态性，分析代谢表型的遗传调控
- 转录组学数据关联分析：通过RNAseq登录号列表获取原始转录组数据，开展转座子表达与基因表达的联合分析
- 种群遗传学研究：基于转座子插入多态性和连锁不平衡数据，解析病原菌种群结构与遗传多样性
