数据集概述
本数据集为苔草属（Carex）首个大规模系统发育研究的补充数据，基于996个物种（占公认物种的50.23%）的ITS、ETS和matK三个DNA区域序列构建超级矩阵。数据包含系统发育树、DNA序列文件及分类单元列表，支持对苔草属早期分化结构、分类单元单系性的分析，挑战部分传统进化假说。
文件详解
- 系统发育树文件
- 文件名称：Supplemental Data 1 _reference_tree.tree、Supplemental Data 2 _query_tree_sections_3_CollapsedUnder75_EDIT.tre
- 文件格式：.tree、.tre
- 字段映射介绍：包含苔草属系统发育重建的参考树及分类单元查询树，反映物种间进化关系。
- DNA序列文件
- 文件名称：Supplemental Data 2 Cx_complete_ETS_2016_02_02_2.phy.GCG.export.phy、Supplemental Data 3 Cx_complete_ITS_2016_02_02_v3.phy.GCG.export.phy、Supplemental Data 4 Cx_complete_matK_2015_11_16.phy.GCG.export.phy
- 文件格式：.phy
- 字段映射介绍：分别为ETS、ITS、matK三个DNA区域的完整序列数据，用于系统发育分析。
- 分类单元数据文件
- 文件名称：Supplemental Appendix 1_Sections list.xlsx
- 文件格式：.xlsx
- 字段映射介绍：苔草属分类单元（组）列表，支持分类系统分析。
- 分类单元查询结果文件
- 文件名称：Supplemental Appendix 2_TDI sections query tree.csv
- 文件格式：.csv
- 字段映射介绍：包含分类单元（如Albae、Baldenses等）的count（数量）、expected（预期值）、disparity（差异值）等字段，反映分类单元的单系性情况。
数据来源
论文“Megaphylogenetic specimen-level approaches to the Carex (Cyperaceae) phylogeny using ITS, ETS, and matK sequences: implications for classification”
适用场景
- 苔草属系统发育分析：利用DNA序列和系统发育树研究物种间进化关系及早期分化结构。
- 分类学修订：基于单系性分析结果，为苔草属分类系统调整提供依据。
- 进化假说验证：通过对比传统分类与分子系统发育结果，挑战或支持传统进化假说。
- 生物多样性研究：分析苔草属全球多样性分布模式，解释分类单元多系性/并系性的原因。
