数据集概述
本数据集是cartloader公开教程的一部分，基于CosMX SMI小鼠空间转录组数据集，展示如何使用cartloader工具包将空间转录组数据转换为网络优化的空间索引PMTiles格式。包含SGE数据集及其FICTURE分析得到的空间因子相关PMTiles文件，支持下游分析、交互式网络可视化和跨平台数据共享，共69个文件。
文件详解
- 核心数据文件（.pmtiles格式，57个）
- 示例文件：genes_bin36.pmtiles、t12-f6-p12-a6-pixel-raster.pmtiles
- 内容说明：空间转录组数据转换后的网络优化PMTiles文件，包含基因表达的空间索引数据、像素栅格数据等，支持交互式空间可视化
- 信息与统计文件（.tsv格式，10个）
- 示例文件：t12-f6-info.tsv、t12-f12-rgb.tsv、t12-f6-p12-a6-pseudobulk.tsv
- 内容说明：t12-f6-info.tsv含Factor、RGB、Weight、PostUMI、TopGene相关统计字段；t12-f12-rgb.tsv含Name、Color_index、R/G/B颜色映射字段；pseudobulk.tsv含伪批量分析结果
- 配置文件（.yaml格式，1个）
- 示例文件：catalog.yaml
- 内容说明：数据集目录配置文件
- 统计文件（.json格式，1个）
- 示例文件：genes_bin_counts.json
- 内容说明：基因分箱计数统计数据
数据来源
cartloader公开教程（https://seqscope.github.io/cartloader/vignettes/subregion_tutorials/cosmxsmi/）
适用场景
- 空间转录组数据可视化：利用PMTiles文件实现交互式空间转录组数据的网络可视化
- 生物信息学下游分析：基于转换后的PMTiles数据开展基因空间分布、表达模式的后续分析
- 空间转录组数据共享：通过网络优化的PMTiles格式实现跨平台空间转录组数据高效共享
- 空间因子分析验证：基于FICTURE分析得到的空间因子数据，验证空间转录组中的空间结构特征
- 生物信息工具测试：作为cartloader工具包功能验证的测试数据集，评估空间转录组数据转换效果
