数据集概述
本数据集为cartloader公开教程的结果数据，基于SeqScope小鼠海马体数据集生成。包含通过cartloader工具包分析、转换得到的空间转录组PMTiles文件及相关辅助文件，可支持下游分析、交互式网络可视化与跨平台数据共享，总计69个文件。
文件详解
- PMTiles文件（57个）
- 文件格式：PMTiles
- 内容示例：genes_bin34.pmtiles、genes_bin23.pmtiles等
- 说明：空间转录组数据转换生成的网络优化、空间索引PMTiles文件，用于SGE数据集及FICTURE分析得到的空间因子数据
- 辅助数据文件（11个）
- 文件格式：TSV、JSON
- 内容示例：t18-f6-info.tsv（含Factor、RGB、Weight等字段）、t18-f12-pseudobulk.tsv（含基因表达量数据）、genes_bin_counts.json
- 说明：包含样本信息、基因表达伪批量数据、基因分箱计数等辅助分析数据
- 配置文件（1个）
- 文件名称：catalog.yaml
- 文件格式：YAML
- 说明：数据集目录配置文件
数据来源
cartloader公开教程（基于SeqScope小鼠海马体数据集）
适用场景
- 空间转录组数据可视化：利用PMTiles文件实现交互式网络可视化，展示基因空间表达分布
- 生物信息下游分析：基于转换后的PMTiles文件开展空间转录组数据的后续生物信息学分析
- 跨平台数据共享：通过标准化PMTiles格式实现空间转录组数据在不同平台间的共享与复用
- 空间转录组工具测试：作为cartloader工具包分析流程的示例数据，用于工具功能验证与测试
