数据集概述
本数据集包含HADDOCK蛋白质-蛋白质对接数据,用于构建CaVβ与F-肌动蛋白复合物模型,核心围绕两者相互作用表面映射及钙通道清除作用展开,为相关分子机制研究提供数据支持。
文件详解
该数据集为压缩文件,内部包含四个子文件夹,具体说明如下:
- 压缩文件: Cavbeta-Actin_Docking.zip,ZIP格式,包含所有子文件夹及数据文件
- 子文件夹内容:
- Cavbeta2文件夹: 含二聚体肌动蛋白(PDB 5OOE)与CaVβ2(PDB 5V2P)对接数据
- 输入文件: job_params.json(运行参数)、unambig.tbl(XL/MS明确距离约束)、ambig.tbl(CPORT/NACCESS模糊距离约束)
- 输出文件: cluster1_1.pdb至cluster1_4.pdb(前4个聚类模型)、补充图表源数据
- Cavbeta4文件夹: 含二聚体肌动蛋白(PDB 5OOE)与CaVβ4(PDB 1VYV)对接数据,文件结构同Cavbeta2文件夹
- Monomer文件夹: 含单体肌动蛋白(PDB 5OOE)与CaVβ2(PDB 5V2P)对照对接数据,文件结构同Cavbeta2文件夹
- Ab_initio文件夹: 含无XL-MS约束的二聚体肌动蛋白与CaVβ2从头对接数据
- 输入文件: job_params.json(6组对照模拟参数)
- 输出文件: 补充表6源数据、补充图5模型文件
适用场景
- 分子生物学研究: 分析CaVβ与肌动蛋白的相互作用机制
- 结构生物学分析: 构建和验证蛋白质复合物三维结构模型
- 钙通道功能研究: 探究CaVβ-肌动蛋白相互作用对钙通道清除的影响
- 计算生物学应用: 作为HADDOCK对接方法的验证数据集或参数优化参考