数据集概述
本数据集包含细胞碰撞模拟的样本代码与统计数据,对应论文“Cell mechanics, environmental geometry, and cell polarity control cell-cell collision outcomes”。内容涵盖Python模拟代码、Jupyter Notebook全流程文件及统计结果Excel表,用于复现细胞碰撞模拟、生成相场图像及分析碰撞结果概率。
文件详解
- readme.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据来源论文信息、各文件功能概述及模拟运行说明
- stat_data.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:统计结果文件,记录每组参数下96次模拟运行的不同碰撞结果(training、walk-past、reversing)数量
- cell_collision.py
- 文件格式:PY
- 字段映射介绍:命令行运行的Python代码,支持输入参数(如alpha、beta、纤维间距L)批量执行模拟,输出碰撞结果
- YL_cell_collision.ipynb
- 文件格式:IPYNB
- 字段映射介绍:Jupyter Notebook文件,包含完整细胞碰撞模拟流程,可生成相场图像并判定碰撞结果,单轮模拟耗时约6-12小时
数据来源
论文“Cell mechanics, environmental geometry, and cell polarity control cell-cell collision outcomes”(arXiv:2503.06239、Soft Matter, 2025, DOI: 10.1039/D5SM00359H)
适用场景
- 细胞力学研究:分析细胞力学特性、环境几何结构及极性对碰撞结果的调控机制
- 生物模拟复现:复现论文中的细胞碰撞模拟实验,验证参数对碰撞结果的影响
- 统计分析应用:基于Excel统计数据,研究不同参数下细胞碰撞结果的概率分布
- 计算生物学教学:作为细胞模拟教学案例,展示相场图像生成及批量模拟方法