数据集概述
本数据集包含雀形目Certhioidea超科（鹪鹩及其近缘类群）的系统发育与生物地理分析数据，覆盖物种及种系水平采样，涉及分子超级矩阵构建、系统发育树推断、生物地理历史重建及多样化速率分析等内容，为研究该类群在美洲的分化与扩散历史提供基础框架。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre）
- 文件名称：如BEAST_Certh_phylo_Uropsila.tre、RAxML_Certh-spp.tre等（共8个）
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：包含基于不同方法（BEAST、RAxML）推断的物种水平及种系水平系统发育树，部分含约束条件（如Hylorchilus_constraint.tre）
- 生物地理分析文件
- 文件名称：Certh_BIOGEO.txt、CerthPhylo_BIOGEO.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录生物地理分析的输入数据，包含物种分布区编码等信息
- 系统发育分析脚本与配置文件
- 文件名称：Biogeography_Analyses.R、Diversification_Analyses.R、Certh-phylo.xml等（共6个：2个R脚本、4个XML文件）
- 文件格式：R、XML
- 字段映射介绍：包含生物地理分析、多样化速率分析的R代码，以及BEAST分析的XML配置文件（含UCE数据及约束条件设置）
- 分子数据矩阵文件
- 文件名称：Certhioidea_concatenated_v4.nex、Certhioidea-phylospp_concatenated_v4.phy等（共4个：2个NEX文件、2个PHY文件）
- 文件格式：NEX、PHY
- 字段映射介绍：物种及种系水平的分子序列超级矩阵，对应不同的字符集划分（如Certhioidea_Charsets_v4.txt）
- 字符集划分文件
- 文件名称：Certhioidea_Charsets_v4.txt、Certhioidea-phylospp_Charsets_v4.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：定义分子数据矩阵中不同基因或区域的字符集位置信息
- 说明文档
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集内容说明及文件清单
数据来源
论文“Diversification and dispersal in the Americas revealed by new phylogenies of the wrens and allies (Passeriformes: Certhioidea)”
适用场景
- 鸟类系统发育研究：用于推断Certhioidea超科的物种亲缘关系及分类修订
- 生物地理历史重建：分析该类群在美洲的起源、扩散路径及洲际迁移事件
- 物种多样化速率分析：探究不同时间尺度下该类群的分化速率变化及关键驱动因素
- 分子系统学方法验证：比较物种水平与种系水平采样对系统发育及生物地理推断的影响
- 进化生物学比较研究：为该类群的生态适应、行为演化等后续比较研究提供系统发育框架
