数据集概述
本数据集包含查塔姆群岛史前海狮标本的古DNA分析数据，用于评估人类定居对其种群的影响。数据显示查塔姆群岛曾存在独特的海狮种群，因过度捕猎在波利尼西亚定居后200年内灭绝，为新西兰现存海狮种群的保护管理提供依据。数据集共含10个文件，涵盖线粒体基因组序列、原始测序数据及种群动态模型文件。
文件详解
- 基因组序列文件
- 文件名称：Pinniped_whole_mtDNA.fasta、Chatham Island sealions_final.fas
- 文件格式：FASTA、FAS
- 字段映射介绍：包含海狮完整线粒体基因组序列及查塔姆群岛海狮样本的序列数据
- 原始测序数据文件
- 文件名称：DEB.sff.raw.fastq.zip、CHI.sff.raw.fastq.zip
- 文件格式：ZIP（含SFF、FASTQ）
- 字段映射介绍：压缩包内为原始测序数据，记录海狮样本的DNA测序原始读取信息
- 种群动态模型文件
- 文件名称：Chatham_sealions_Dloop_Yule.xml、mitogenome_Yule.xml、mitogenome_birth_death.xml、Chatham_sealions_Dloop_Birth_Death.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：种群动态分析模型配置文件，包含Yule模型、 Birth-Death模型等用于评估海狮种群历史动态的参数设置
- 数据分析脚本与参数文件
- 文件名称：IBM script.r、BayeSSC .par files.zip
- 文件格式：R、ZIP
- 字段映射介绍：IBM模拟分析脚本及BayeSSC种群遗传学分析参数文件，用于种群动态模拟与遗传多样性分析
数据来源
论文“Human-mediated extirpation of the unique Chatham Islands sea lion and implications for the conservation management of remaining New Zealand sea lion populations”
适用场景
- 海洋哺乳动物种群遗传学研究：分析查塔姆群岛海狮的独特线粒体谱系及与现存种群的遗传差异
- 人类活动对海洋生物影响评估：通过古DNA数据量化人类定居对海狮种群的灭绝驱动作用
- 濒危物种保护策略制定：为新西兰现存海狮种群的渔业兼捕管理及栖息地保护提供历史参照
- 种群动态模型验证：利用线粒体基因组数据验证不同种群动态模型（Yule、Birth-Death）的适用性
- 古DNA分析方法应用：探索古DNA技术在海洋哺乳动物灭绝事件研究中的应用潜力
