数据集概述
本数据集为巴西东北部塞阿拉州基孔肯雅病毒（CHIKV）感染致死病例的研究数据，包含100例疑似虫媒病毒感染致死病例的检测结果，涉及临床、流行病学特征及病毒基因组分析，共9个相关文件。
文件详解
- 系统发育分析文件
- 文件名称：publishedonly_noNatal_4s_4L_all.trees、MCC_publishedonly_noNatal_4s_4L_all.trees、KTH_publishedonly_noNatal_4s_4L_all.trees
- 文件格式：.trees
- 字段映射介绍：系统发育树文件，记录CHIKV基因组的进化关系分析结果
- 日志文件
- 文件名称：publishedonly_noNatal_4s_4L_all.log
- 文件格式：.log
- 字段映射介绍：记录系统发育分析过程的日志信息
- 说明文件
- 文件名称：READ_ME.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：说明数据集包含的文件及对应研究图表的关联信息
- 分析脚本
- 文件名称：R_script_epi_ceara.R
- 文件格式：.R
- 字段映射介绍：用于塞阿拉州CHIKV感染致死病例流行病学分析的R脚本
- 起始树文件
- 文件名称：startingtree_nomarta_publishedonly_noNatal_4s_4L_all.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：系统发育分析使用的起始树文件
- 序列文件
- 文件名称：publishedonly_noNatal_4s_4L_all.fasta
- 文件格式：.fasta
- 字段映射介绍：CHIKV基因组序列文件
- 流行病学数据文件
- 文件名称：epi_ceara.csv
- 文件格式：.csv
- 字段映射介绍：包含Year_notification（报告年份）、Week_notification（报告周）、Week_notif_since_Jan15（自1月15日起的报告周）、Ceara（塞阿拉州数据）等字段的流行病学数据
数据来源
论文“Fatal outcome of chikungunya virus infection in Brazil”
适用场景
- CHIKV感染致死风险因素分析：通过临床、流行病学数据识别与致死相关的独立风险因素
- 病毒基因组进化研究：利用系统发育分析文件探究CHIKV-ECSA谱系的传播及突变特征
- 流行病学趋势分析：基于epi_ceara.csv数据研究塞阿拉州CHIKV感染的报告时间分布
- 临床诊疗参考：为CHIKV感染致死病例的临床特征识别及诊疗方案优化提供数据支持
