数据集概述
本数据集包含药用植物Chiococca alba（Snowberry）的基因组组装数据，涉及28,707个高置信度基因编码信息，重点识别了27个萜类合酶基因（含10个二萜合酶），并通过功能验证揭示了其在特殊萜类生物合成中的作用。数据集共17个文件，涵盖基因组序列、基因模型、表达丰度、注释信息等，为该药用植物健康相关化合物的生物合成途径研究提供支持。
文件详解
- 基因组序列文件
- 文件名称：snowberry-10x-03212018_min_l500_pseudohap.2.fasta.gz、snowberry_final_asm.working_models.cds.fa.gz等.gz格式文件
- 文件格式：.gz（压缩格式）、.fasta（基因组序列）、.cds（编码序列）
- 字段映射介绍：包含原始基因组组装序列、高置信度基因编码序列（CDS）、互补DNA（cDNA）序列等核心基因组数据
- 基因模型与注释文件
- 文件名称：snowberry_final_pasa_gene_models.gff3.gz、working_genes_annot.txt.gz等
- 文件格式：.gz、.gff3（基因特征格式）、.txt（文本注释）
- 字段映射介绍：提供基因模型结构注释、功能注释文本及高置信度基因模型的GFF3格式数据
- 表达丰度与实验验证文件
- 文件名称：ExpressionAbundances_Calba.xlsx、NMR_Epi_Dolabradiene.zip
- 文件格式：.xlsx（表格）、.zip（压缩包）
- 字段映射介绍：包含基因表达丰度数据表格、核磁共振（NMR）实验验证的萜类化合物数据压缩包
- 说明文档
- 文件名称：README_v2.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含文件内容描述、使用说明等信息
适用场景
- 药用植物基因组学研究: 分析Chiococca alba基因组结构、基因编码特征及与其他被子植物的比较基因组学
- 萜类生物合成途径解析: 基于萜类合酶基因数据，探究特殊抗菌二萜（如merilactone、ribenone）的生物合成中间产物与路径
- 药用化合物开发: 挖掘该植物中具有健康促进作用的代谢物合成相关基因，支持天然药物研发
- 植物代谢组功能验证: 结合表达丰度数据与NMR实验结果，验证萜类合酶基因的功能及代谢产物活性
- 比较基因组学分析: 开展与咖啡（Coffea canepehora）等茜草科植物的共线性分析，研究代谢通路进化
