数据集概述
本数据集围绕骡鹿（Odocoileus hemionus）内源性逆转录病毒（CrERVγ）的种群历史展开，包含13个前病毒在15个种群262只骡鹿中的分布数据、骡鹿种群位置信息、白尾鹿CrERV-in14序列及微卫星数据，用于分析宿主-病毒共进化及宿主种群进化历史。
文件详解
- Mule Deer_ERVData_Locations.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含骡鹿种群位置信息及CrERV前病毒的分布数据，用于关联地理分布与病毒种群结构
- O.virginianus CrERV-in14.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：白尾鹿（O. virginianus）CrERV-in14前病毒的核苷酸序列数据，用于对比分析病毒在近缘物种中的存在情况
- Mule Deer_Msat Data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：骡鹿种群的微卫星数据，用于与CrERV数据共同分析种群遗传结构
数据来源
论文“The population history of endogenous retroviruses in mule deer (Odocoileus hemionus)”
适用场景
- 宿主-病毒共进化研究: 分析CrERVγ在骡鹿基因组中的内源性过程及宿主与病毒的协同进化关系
- 种群遗传结构分析: 结合CrERV和微卫星数据，探究骡鹿种群的遗传分化、基因流及区域结构特征
- 物种进化标记开发: 评估内源性逆转录病毒作为种群水平进化历史研究标记的有效性
- 地理种群分布研究: 利用位置数据关联病毒分布与骡鹿种群的地理隔离及 translocation 事件影响
- 近缘物种比较分析: 通过白尾鹿病毒序列，对比内源性逆转录病毒在同属不同物种中的存在差异
