数据集概述
本数据集包含感染肠粘孢子虫24天后及对照组大菱鲆的头肾、脾脏、幽门盲囊三个组织的RNA-seq转录组数据,通过TopHat2比对基因组、Cufflinks生成转录组,提供基因序列及注释信息。
文件详解
- 主目录:Scophthalmus maximus transcriptome - RNA-seq head kidney, spleen and pyloric caeca - 24 days post infection Enteromyxum infected and control turbot/
- merged-immune2-genes.fasta:FASTA格式,包含合并后的免疫相关基因序列
- immune2-annotation.txt:TXT格式,注释文件,字段包括Sequence name、Sequence desc.、Sequence length、Hit desc.、Hit ACC、E-Value、Similarity、Bit-Score、Alignment length、Positives等
适用场景
- 鱼类免疫学研究:分析大菱鲆感染肠粘孢子虫后的免疫基因表达变化
- 比较转录组分析:探究感染组与对照组在头肾、脾脏、幽门盲囊组织中的基因差异表达
- 功能基因组学:基于注释信息研究免疫相关基因的功能及分子机制
- 水产病害防控:为大菱鲆抗肠粘孢子虫病的遗传育种提供基因靶点数据支持