蛋白质-配体结合亲和力预测数据集Protein-LigandBindingAffinityPredictionDataset-hangkaiwang
数据来源:互联网公开数据
标签:蛋白质,配体,分子对接,结合亲和力,机器学习,结构生物学,药物研发,分子模拟
数据概述:
该数据集包含来自PDBbind数据库的蛋白质-配体复合物数据,记录了蛋白质结构、配体分子结构、氨基酸序列、口袋信息以及结合亲和力标签。主要特征如下:
时间跨度:数据未明确标注时间,可视为静态数据集,反映了特定时间点下的蛋白质-配体相互作用信息。
地理范围:数据来源为PDBbind数据库,涵盖多种物种来源的蛋白质-配体复合物,具有广泛的适用性。
数据维度:包括pdbid(蛋白质结构ID)、smiles(配体分子的SMILES字符串)、sequence(蛋白质氨基酸序列)、pocket(结合口袋信息,氨基酸序列片段)、label(结合亲和力,通常为pKi或Kd值)等关键字段。
数据格式:提供CSV格式的数据文件,便于数据分析和机器学习模型的构建。
来源信息:数据来源于PDBbind数据库,是一个广泛用于蛋白质-配体相互作用研究的公开数据库。
该数据集适用于蛋白质-配体相互作用研究、药物设计、分子对接和结合亲和力预测等领域。
数据用途概述:
该数据集具有广泛的应用潜力,特别适用于以下场景:
研究与分析:适用于结构生物学、药物设计和计算化学等领域的研究,如蛋白质-配体相互作用机制研究、结合亲和力预测模型构建等。
行业应用:可以为药物研发行业提供数据支持,特别是在药物筛选、虚拟筛选、先导化合物优化等方面。
决策支持:支持药物研发过程中的靶点选择、化合物评估和优化,加速药物发现进程。
教育和培训:作为生物信息学、计算化学和药物设计等相关课程的辅助材料,帮助学生和研究人员深入理解蛋白质-配体相互作用。
此数据集特别适合用于构建和验证结合亲和力预测模型,探索蛋白质-配体相互作用的结构基础,从而加速药物研发进程。