数据集概述
本数据集为丹麦猪群2009年H1N1大流行性甲型流感病毒进化动力学与分子流行病学研究的支持文件，包含病毒分离株信息、基因序列比对、系统发育树、进化模型及突变注释等数据，共九十七个文件，支持病毒进化与传播机制的分析。
文件详解
- 基础信息文件：
- isolates.xlsx：Excel格式，包含测序数据集中所有甲型流感病毒分离株的列表信息
- 序列比对文件：
- 以alignment_开头的文件（如alignment_ha.fa、alignment_na_n2hu.fa、alignment_np.nxs）：包含不同基因片段（如血凝素HA、神经氨酸酶NA、核蛋白NP等）的序列比对数据，格式包括.fa、.nxs
- 系统发育树文件：
- 以iqtree_开头的.contree文件（如iqtree_ns_pdm09.contree、iqtree_na_n2hu.contree）：IQ-TREE生成的最大似然树文件
- 以iqtree_开头的.log文件（如iqtree_na_n1pdm09.log、iqtree_pb2.log）：IQ-TREE运行日志文件
- 进化分析文件：
- 以treetime_开头的.txt文件（如treetime_ns_av_sequence_evolution_model.txt）：序列进化模型参数文件
- 以treetime_开头的.tsv文件（如treetime_ns_av_dates.tsv）：时间校准数据文件
- 以treetime_开头的.log文件（如treetime_na_n1pdm09_trace_run.log）：TreeTime运行日志文件
- 以treetime_开头的.pdf文件（如treetime_ha_root_to_tip_regression.pdf）：根到尖端回归分析图表文件
- 突变注释树文件：
- 以mutation_tree_开头的.nexus文件（如mutation_tree_pb1.nexus、mutation_tree_na_n2hu.nexus）：含注释突变信息的系统发育分子钟树文件
适用场景
- 病毒进化研究：分析2009年H1N1大流行性流感病毒在丹麦猪群中的基因进化动态
- 分子流行病学研究：探究病毒在猪群中的传播路径与分子特征
- 进化模型验证：验证不同基因片段的序列进化模型与速率
- 突变分析：研究病毒关键基因片段的突变模式及其潜在影响
