找到37个数据集

标签: IQTREE

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  • Tetraodontiform_Based_海洋鱼类体型演化与古气候关联研究数据

    2026年1月15日 30 104 100

    数据集概述 本数据集聚焦四齿鲀目鱼类(含河豚、箱鲀等),结合系统基因组学数据与古气候信息,验证伯格曼法则和科普法则在海洋鱼类中的适用性。通过整合185种现生种基因位点、210个化石与现生种解剖特征,构建时间校准系统发育树,分析体型演化与古气候的关联,共包含13个文件。 文件详解 文档文件 文件名称:README_updated.txt 文件格式:TXT...
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  • phylogenetic_Based_形态学大数据系统发育分析算法性能评估数据集

    2026年1月15日 30 173 131

    数据集概述 本数据集是关于大形态学数据集系统发育分析的概率算法性能评估模拟研究数据。研究测试了MrBayes、RevBayes、IQ-TREE和RAxML四种主流概率软件在不同分类抽样和缺失数据条件下的性能,通过Robinson-Foulds等指标计算推断树与真实树的距离,分析算法准确性、精确性及稳定性。 文件详解 R_scripts.zip...
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  • Poritiinae_Based_灰蝶科Poritiinae亚科分子系统发育研究数据与脚本

    2026年1月13日 30 44 18

    数据集概述 本数据集包含灰蝶科Poritiinae亚科的分子系统发育研究数据与分析脚本,涵盖14个基因区域的218个样本(来自177个分类单元),涉及该亚科86%的属。数据支持将Poritiinae分为亚洲Poritiini族与非洲Liptenini族,并将Liptenini族重新划分为6个亚族,同时提供了祖先分布区重建等相关分析结果,包含8个文件。...
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  • Drepanotermes_Based_澳大利亚收获蚁气候变化适应性与分布预测研究数据2022

    2026年1月12日 30 128 56

    数据集概述 本数据集围绕澳大利亚特有收获蚁属Drepanotermes展开,包含其系统发育、筑巢习性、气候变量及未来栖息地适宜性预测相关数据。通过物种界定、系统发育推断、祖先状态重建及生态位建模,探究该属对澳大利亚干旱化的进化适应及未来气候变化下的分布响应,为研究物种气候适应性提供支撑。 文件详解 文档文件 文件名称:README.txt...
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  • Euglossini_Phylogenomics_兰花蜂物种多样化与颜色表型系统发育基因组学研究数据

    2026年1月4日 30 105 97

    数据集概述 本数据集为兰花蜂(Eulaema meriana和Eulaema bombiformis物种复合体)的系统发育基因组学研究数据,包含基于超保守元件(UCEs)和线粒体DNA(mtDNA)的测序数据、系统发育分析配置文件及结果文件,用于验证颜色表型是否对应独立进化支系,共20个文件。 文件详解 系统发育分析配置文件 文件名称:eulaema-...
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  • 鳕形目鱼类系统发育分析数据集

    2025年12月24日 30 152 51

    数据集概述 本数据集围绕鳕形目鱼类系统发育分析展开,包含系统发育重建方法验证、模型选择、分支支持度评估等相关研究材料,为解决鳕形目鱼类历史争议性亲缘关系提供数据支持。 文件详解 文档类文件(PDF格式,共15个):...
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  • 丹麦猪群2009年H1N1大流行性甲型流感病毒进化动力学与分子流行病学数据集

    2025年12月23日 30 107 67

    数据集概述 本数据集为丹麦猪群2009年H1N1大流行性甲型流感病毒进化动力学与分子流行病学研究的支持文件,包含病毒分离株信息、基因序列比对、系统发育树、进化模型及突变注释等数据,共九十七个文件,支持病毒进化与传播机制的分析。 文件详解 基础信息文件: isolates.xlsx:Excel格式,包含测序数据集中所有甲型流感病毒分离株的列表信息...
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  • 园丁鸟造亭行为平行演化系统基因组学数据集

    2025年12月23日 30 207 197

    数据集概述 本数据集围绕园丁鸟造亭行为的演化机制展开,通过系统基因组学方法构建物种树,验证单配制猫鸟分支与多配制造亭物种的亲缘关系,探讨造亭行为是祖先性状丢失还是平行演化的结果,为理解这一独特行为的起源提供数据支持。 文件详解 归档文件(.tar格式): alignments_exons.tar:包含5653个外显子位点的比对文件...
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  • 树懒进化历史与生物地理学古线粒体基因组数据集2019

    2025年12月23日 30 173 31

    数据集概述 该数据集是《Current Biology》2019年发表论文的补充材料,包含树懒古线粒体基因组的捕获序列、多格式基因组数据集、系统发育树文件、祖先特征重建结果及实验方案等,为研究树懒的进化历史与生物地理学提供数据支持。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件,具体说明如下: - 序列捕获文件: - Delsuc-...
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  • 北美西部本土丛生禾草_沙生针茅_精细尺度空间遗传结构数据集

    2025年12月22日 30 189 186

    数据集概述 本数据集聚焦北美西部本土丛生禾草沙生针茅(Achnatherum thurberianum),通过简化基因组测序获取17个种群246个个体的5677个SNP位点数据,分析其种群遗传结构、进化历史及环境适应性,为恢复规划提供参考。 文件详解...
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  • 蛾类反蝙蝠超声信号全球系统发育数据集

    2025年12月22日 30 198 166

    数据集概述 本数据集围绕蛾类反蝙蝠超声信号展开,包含全球蛾类属级数据、系统发育树、声学及适口性实验数据,用于研究超声警告、拟态与干扰行为的演化,为理解蛾类声学防御策略提供支持。 文件详解 说明文档: README.pdf:PDF格式,可能包含数据集整体说明、文件清单及使用指引 系统发育分析文件:...
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  • Vesubia与Alopecosa属系统发育研究附录2数据集

    2025年12月21日 30 143 19

    数据集概述 本数据集为《解析Vesubia属单型性及其与Alopecosa属的关系》一文的附录2,包含通过IQ-TREE软件为各基因分区构建的最佳进化模型方案,涉及28s、12s等多个基因片段及对应模型参数。 文件详解 该数据集包含一个HTML格式的文档文件,具体说明如下: - 文件名称: table.html - 文件格式: HTML (.html)...
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  • 蜂类总科系统发育再分析数据集

    2025年12月21日 30 62 19

    数据集概述 本数据集为蜂类总科(Apoidea)系统发育再分析研究数据,包含关键类群基因组测序数据及系统发育分析结果文件,验证了沙蜂科(Ammoplanidae)与蜜蜂的姐妹群关系,支持部分分类修订建议,为蜂类总科分类与进化研究提供数据支持。 文件详解...
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  • 水蚤精子进化研究相关脚本数据集

    2025年12月20日 30 102 6

    数据集概述 该数据集包含Duneau等人关于水蚤(Daphnia)精子进化研究的相关脚本与辅助文件,涵盖数据分析代码、序列比对文件、系统发育树文件、实验结果表格及方法说明文档,为复现该研究提供完整的技术支持。 文件详解 代码文件: Daphnia_sperm_anc_state.R: R语言脚本文件,可能用于祖先状态重建分析 序列数据文件:...
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  • 恒定速率生灭模型先验在系统发育树拓扑推断中的局限性数据集

    2025年12月20日 30 199 51

    数据集概述 本数据集围绕恒定速率生灭(crBD)模型先验在系统发育树拓扑推断中的局限性展开,包含模拟、分析及图表复现代码与补充文件,验证crBD树与实证树的拓扑差异,探究不同场景下模型的适用性与潜在偏差。 文件详解 该数据集包含多种格式的文件,具体说明如下: - 代码文件(.r格式,6个): -...
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  • Huber等人2018年幽灵蛛科系统发育补充材料1

    2025年12月20日 30 135 133

    数据集概述 本数据集为Huber等人2018年发表的幽灵蛛科系统发育研究的补充材料1,包含基于IQ-TREE推断的全类群最大似然树(Figure S1),补充展示了所有外类群及支持值信息。 文件详解 文件名称: oo_234249.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 内容说明: 包含图S1(Maximum-likelihood tree of...
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  • 植物U_box蛋白进化与功能研究补充数据集2022

    2025年12月20日 30 90 48

    数据集概述 本数据集是Trenner等2022年关于植物U-box蛋白(PUBs)进化与功能研究的补充资料,包含支持主研究的方法、参考文献、系统发育树图表、序列比对文件及序列信息表,为植物U-box蛋白的进化分析提供完整数据支撑。 文件详解...
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  • 澳大利亚米拉克亚科寄生蜂COI基因最大似然分析补充材料

    2025年12月18日 30 11 0

    数据集概述 本数据集为澳大利亚米拉克亚科寄生蜂相关研究的补充材料,包含基于COI基因序列的两种不同最大似然分析结果,使用IQ-TREE v2.3.5工具生成,用于支持新物种分类的分子系统学证据。 文件详解 文件名称:oo_1232304.pdf 文件格式:PDF...
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  • 马达加斯加西北部侏儒壁虎分子系统学与新物种描述数据集

    2025年12月18日 30 2 0

    数据集概述 本数据集为论文《马达加斯加西北部神秘侏儒壁虎Lygodactylus ornatus的分子系统学及L. verticillatus群新物种描述》的配套数据,包含原始DNA比对及系统发育树文件,支持对该区域侏儒壁虎物种分类与进化关系的研究。 文件详解...
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  • 哺乳动物系统发育树根位置置信度评估与非可逆模型实证研究

    2025年12月15日 30 153 70

    数据集概述 本数据集围绕哺乳动物系统发育分析展开,聚焦非可逆模型在树根位置推断中的应用,提出“rootstrap”新 Bootstrap 度量方法,旨在解决传统可逆模型无法统计支持根位置的问题,为系统发育树的根位置评估提供新工具。 文件详解 文件名称: Supplementary_material.pdf 文件格式: PDF (.pdf) 文件内容:...
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