数据集概述
本数据集包含德国境内SARS-CoV-2病毒的基因组序列及相关元数据，旨在支持病毒传播路径追踪、变异监测及耐药性预测等研究。数据覆盖2023年5月31日前通过DESH提交至RKI的序列，以及后续IMSSC2实验室网络和Charité冠状病毒参考中心提供的样本，确保对病毒种群的代表性观察。
文件详解
- 序列数据文件：
- SARS-CoV-2-Sequenzdaten_Deutschland.tsv.xz：TSV压缩文件，包含病毒基因组序列的结构化元数据
- SARS-CoV-2-Sequenzdaten_Deutschland.fasta.xz：FASTA压缩文件，存储病毒基因组序列数据
- 变异信息文件：
- SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_zu_Varianten.tsv：TSV文件，字段包括LINEAGE（谱系）、WHO_LABEL（WHO命名）、CONTRIBUTING_LINEAGES（贡献谱系）、COLOR（颜色标记）、variant_category（变异类别）
- SARS-CoV-2-Entwicklungslinien_berichtet.tsv：TSV文件，字段包括LINEAGE（谱系）、WHO_LABEL（WHO命名）、CONTRIBUTING_LINEAGES（贡献谱系）
- 元数据及文档：
- Metadaten.zip：压缩文件，包含数据集元数据
- datapackage.json：JSON文件，包含数据集名称、标题、描述等基本信息
- [Dokumentation]_SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland.pdf：PDF文档，提供数据集使用说明
数据来源
德国罗伯特·科赫研究所（RKI）、IMSSC2实验室网络、Charité冠状病毒参考中心（NRZ Coronaviren）
适用场景
- 病毒变异监测：分析德国境内SARS-CoV-2变异株的分布及演化趋势
- 传播路径研究：通过基因组数据重建病毒传播链，追踪感染源
- 耐药性预测：基于病毒基因序列突变分析，预测潜在的药物耐药性
- 公共卫生决策：为疫情防控策略制定提供病毒流行特征的数据支持
- 国际合作研究：支持全球范围内的病毒基因组比较分析及变异预警
