数据集概述
本数据集围绕果蝇（Drosophila melanogaster）的垂直传播病毒DMelSV展开，通过病毒的遗传信息分析果蝇的种群迁徙与生态历史。病毒高突变率和低有效种群规模的特性，为解析果蝇迁徙模式、欧洲-非洲扩散路径及北美种群起源提供了精细尺度的遗传证据，助力理解这一模式生物的未知生态特征。
文件详解
- NXS文件（系统发育分析结果）
- 文件名称：MCC_fig3.nxs、MCC_fig1.nxs
- 文件格式：NXS
- 字段映射介绍：包含系统发育树的后验概率共识树（MCC树）数据，用于展示DMelSV病毒的遗传进化关系与分支结构。
- XML文件（BEAST分析配置）
- 文件名称：beast_fig1.xml、beast_fig2&3.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST软件的分析参数配置文件，定义了病毒序列的进化模型、马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）运行参数及输出设置。
- FASTA文件（病毒序列比对数据）
- 文件名称：alignment_long.fasta、alignment_short.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含DMelSV病毒的核苷酸序列比对数据，其中长序列（alignment_long）和短序列（alignment_short）分别对应不同长度的病毒基因组片段。
数据来源
论文“Flies on the move: an inherited virus mirrors Drosophila melanogaster's elusive ecology and demography”
适用场景
- 病毒-宿主共进化研究: 分析DMelSV病毒与果蝇的协同进化历史，验证垂直传播寄生虫对宿主种群遗传结构的镜像效应。
- 种群迁徙路径解析: 利用病毒遗传数据重构果蝇从非洲到欧洲、再到北美的殖民扩散路线。
- 遗传多样性与气候适应性分析: 探究DMelSV病毒多样性与果蝇在寒冷大陆气候中的存续策略及迁徙模式的关联。
- 进化生物学方法验证: 评估高突变率病毒作为宿主种群遗传“放大镜”的有效性与应用潜力。
