数据集概述
本数据集围绕豆科植物起源与早期演化展开，聚焦其古多倍体事件与白垩纪-古近纪（K-Pg）大灭绝事件的关联。通过基因树 reconciliation、基因计数数据及系统发育超网络重建等方法，结合36个核基因的时钟模型与20个化石校准点，分析豆科植物全基因组复制（WGD）事件的时间线，为理解新生代生物多样性起源提供数据支持。
文件详解
- 数据文件（ZIP格式）：
- DataS1_homolog_alignments.zip：包含8,642个同源基因的氨基酸序列比对文件（NEXUS格式）
- DataS2_alignment_of_36genes_for_time-scaling.nex：用于时间校准的36个核基因比对文件（NEXUS格式）
- DataS3_homolog_trees.zip：包含8,642个带 bootstrap 值和分支长度的多标记同源基因树（Newick格式）
- DataS4_homolog_extracted_clades.zip：从DataS3中提取的8,038个带 bootstrap 值的多标记有根分支树（Newick格式）
- DataS5_homolog_extracted_clades.zip：同源基因簇中提取的分支树文件（具体内容未详述）
- DataS6_gene_count_rosids.zip：蔷薇类植物基因计数数据文件
- DataS7_pruned_n-fixing_trees.zip：修剪后的固氮相关基因树文件
- DataS8_filtered_1kp_trees.zip：过滤后的1kp项目基因树文件
- 文档文件：
- Koenen_et_al_2020_SystBiol_SupplementaryAppendicesFigures.pdf：包含补充附录与图表的PDF文档
- 说明文件：
- README：数据集文件内容概述与说明文档
适用场景
- 植物系统发育研究：分析豆科植物早期演化时间线与全基因组复制事件
- 灭绝事件与生物演化关联研究：探究K-Pg大灭绝对豆科植物多样性形成的影响
- 古多倍体事件分析：验证豆科植物泛家族或亚家族水平的多倍体起源假说
- 新生代生物多样性起源研究：通过豆科案例理解大灭绝后植物类群的复苏机制
