数据集概述
本数据集为Gadwall鸭（Anas strepera）群体遗传学研究数据，包含22个核内含子序列（来自至少19条不同染色体）及相关分析文件。研究通过中性溯祖模型验证非编码基因座遗传多样性的异质性，发现其无法用简单群体历史模型解释，提示选择或种间杂交可能是原因。数据集共27个文件，涵盖序列、分析代码及文档。
文件详解
- 基因序列文件（.fas格式，共22个）
- 示例文件：GH1.fas、LCAT.fas、NCL.fas、SOX9.fas等
- 内容：Gadwall鸭22个核内含子的核苷酸序列数据，用于遗传多样性分析
- 文本说明文件（.txt格式，共2个）
- README_for_ms.out.v4.2.txt：ms模拟输出数据的处理说明文档
- infile-IMgcFiltered.txt：过滤后的IMgc输入文件，包含OW与NW Gadwall群体22个非编码基因座的遗传数据
- 文档文件（.docx格式，1个）
- Locus characteristics.docx：基因座特征描述文档，记录22个内含子基因座的基本信息
- R代码文件（.r格式，1个）
- ms.out.v4.2.R：用于处理ms模拟输出数据的R脚本，支持群体历史模型的统计分析
- XML配置文件（.xml格式，1个）
- 8taxa-22loci-RelaxClock.xml：松弛时钟模型的XML配置文件，用于多物种溯祖分析的参数设置
数据来源
Dryad数据仓库（doi:10.5061/dryad.nv5v1v59）及论文“Heterogeneity in genetic diversity among non-coding loci fails to fit neutral coalescent models of population history”
适用场景
- 群体遗传学研究：分析Gadwall鸭非编码基因座的核苷酸多样性异质性，探究遗传多样性差异的驱动因素
- 溯祖模型验证：检验中性进化假设下的群体历史模型（如分歧、基因流、种群大小变化）与实际数据的拟合度
- 进化生物学分析：通过遗传数据推断Gadwall鸭的种群历史，评估选择压力或种间杂交对遗传多样性的影响
- 生物信息学方法开发：基于22个内含子序列的基因组样带数据，优化群体遗传数据分析的计算流程
