数据集概述
本数据集基于DArTseq基因组方法,对澳大利亚东南部26个细叶桉种群的4200余个全基因组单核苷酸多态性(SNPs)进行分析,识别出81个与温度、干旱或降水相关的适应性SNPs,涉及所有11条染色体,为研究气候变化下物种适应性潜力提供支撑。
文件详解
- README.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含数据引用信息、研究背景说明及数据文件说明,引用信息为R. Jordan等2017年发表的相关论文。
- Emicrocarpa_GenomicApdt_SNPs_metadata.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:推测包含细叶桉种群采样信息、SNP位点注释、气候变量关联等元数据内容。
- Emicrocarpa_GenomicApdt_SNPs.vcf.gz
- 文件格式:VCF.GZ
- 字段映射介绍:压缩的VCF文件,包含4218个用于气候适应基因组特征分析的SNPs数据。
数据来源
Dryad数据库,论文“Evidence of genomic adaptation to climate in Eucalyptus microcarpa: implications for adaptive potential to projected climate change”
适用场景
- 植物气候适应性研究:分析细叶桉种群对温度、干旱、降水等气候变量的基因组适应机制。
- 气候变化下物种保护策略制定:基于适应性SNPs预测自然选择下的等位基因频率变化,评估辅助基因迁移的必要性。
- 基因组学数据分析方法验证:验证FST异常值和环境关联分析在长寿命树种气候适应研究中的应用效果。
- 生物多样性管理决策支持:为气候变化背景下细叶桉等树种的就地保护或干预措施提供基因组学依据。