数据集概述
本数据集来自Dryad平台，围绕环北极鸣禽红雀的基因表达与表型关联研究展开，包含基因组SNP数据、转录组基因表达矩阵、系统发育分析文件及相关分析脚本，用于探究红雀表型多样性与基因表达的关系，助力进化生物学领域对物种分化机制的研究。
文件详解
- 基因组与系统发育文件
rpba_trim_noogmiss_200loci.nex：NEX格式，含200个位点的SNAPP分析输入数据rpba_trim_nomiss_35loci.nex：NEX格式，含35个位点的SNAPP分析输入数据RedpollSNAPP_200loci.trees：TREES格式，SNAPP分析生成的物种树文件redpoll_wOG_1587SNPs.gen：GEN格式，含1587个SNPs的基因组数据m5M5n5r0.8_20kSNPs.gen：GEN格式，含20000个SNPs的基因组数据- 转录组与基因表达文件
TPM1.0.genes.counts.matrix.TMM_normalized.FPKM：FPKM格式，TMM标准化的基因表达矩阵RedpollFilteredStructureTranscriptome.stru：STRU格式，过滤后的转录组结构数据- 分析脚本文件
RScripts.zip：ZIP格式，R语言分析脚本压缩包RNASeqShellScripts.zip：ZIP格式，转录组测序分析Shell脚本压缩包ddRADShellScripts.zip：ZIP格式，ddRAD测序分析Shell脚本压缩包- 说明文件
README.txt：TXT格式，数据集内容说明文档
数据来源
Molecular Ecology Dryad
适用场景
- 进化生物学研究：分析红雀基因组SNP数据与表型多样性的关联
- 基因差异表达分析：利用转录组数据探究红雀不同表型个体的基因表达模式
- 系统发育分析：通过SNAPP生成的物种树研究红雀的系统发育关系
- 生物信息学方法验证：借助分析脚本复现红雀基因表达与表型关联的研究流程
