数据集概述
本数据集专为OMERO平台的omero-vitessce插件测试设计，包含图像、细胞分割、转录组及配置文件等多类型数据，支持插件功能验证与交互可视化测试。
文件详解
- 图像文件：
- MAX_MBEN_ff_Xenium_0018446_MB-266_DAPI_2024-01-23_12.47.34_Fused_405nm_corr_cropped.png：PNG格式，DAPI通道图像
- MAX_MBEN_ff_Xenium_0018446_MB-266_DAPI_2024-01-23_12.47.34_Fused_405nm_corr_cropped_cp_masks.png：PNG格式，细胞分割掩码（0为背景，其他值对应细胞ID）
- CSV数据文件：
- cells.csv：包含cell_type（细胞类型）、cluster（聚类）、cell_id（细胞ID）字段
- embeddings.csv：UMAP嵌入数据，用于交互式散点图绘制
- feature_matrix.csv：细胞转录本计数矩阵
- transcripts.csv：包含x（像素坐标）、y（像素坐标）、gene（基因名称）字段
- 配置文件：
- VitessceConfig.json：JSON格式，插件生成的Vitessce配置示例，含版本、数据集、布局等配置项
数据来源
改编自EBI BioImages（https://www.ebi.ac.uk/biostudies/bioimages/studies/S-BIAD1093）
适用场景
- 插件功能测试：验证omero-vitessce插件的图像加载、数据关联及可视化能力
- 空间转录组分析：结合图像与转录本数据，研究细胞空间分布与基因表达关系
- 可视化配置开发：基于配置文件优化Vitessce交互界面设计
- 生物信息学工具验证：测试多模态数据整合与交互式分析流程
