数据集概述
本数据集包含小鼠乳腺上皮细胞群体的简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）甲基化谱与RNA-seq表达谱，以及用于差异甲基化分析的R代码，支持F1000Research发表的相关研究文章。
文件详解
该数据集包含11个文件，具体说明如下：
- 甲基化测序数据文件（.gz格式）:
- P6_1.bismark.cov.gz、P6_4.bismark.cov.gz、P7_2.bismark.cov.gz、P7_5.bismark.cov.gz、P8_3.bismark.cov.gz、P8_6.bismark.cov.gz：共6个.gz压缩文件，为不同样本的Bismark覆盖度数据。
- 样本信息文件:
- targets.txt（.txt格式）：包含样本与群体对应信息，字段示例：Sample（样本名）、Population（群体）、Description（描述）。
- 差异分析结果文件:
- BvsL-fc3.csv（.csv格式）：差异分析结果表，字段示例：GeneID（基因ID）、Length（长度）、Symbol（基因符号）、logFC（对数倍数变化）、PValue（P值）、FDR（校正后P值）。
- 表达谱数据文件:
- rna.RData（.rdata格式）：乳腺上皮细胞群体的RNA-seq表达谱数据。
- 分析代码文件:
- Analysis.R（.r格式）：执行差异甲基化分析的R代码，展示甲基化与表达差异的负相关性。
- 其他文件:
- index.html（.html格式）：可能为数据集索引页面；无具体字段说明。
数据来源
F1000Research发表的文章《Differential methylation analysis of reduced representation bisulfite sequencing experiments using edgeR》
适用场景
- 表观遗传学研究：分析乳腺上皮细胞群体的DNA甲基化差异
- 转录组关联分析：探究甲基化水平与基因表达的相关性
- 生物信息学方法验证：复现或扩展edgeR在RRBS数据差异分析中的应用
- 乳腺发育机制研究：通过甲基化与表达数据解析细胞群体特性
