数据集概述
本数据集围绕大肠杆菌实验进化过程中基因型对分子替代率的影响展开，包含六个创始菌株的表型数据、基因型数据摘要及进化种群的适应性数据，可用于探究不同基因型背景下替代率的差异及潜在机制。
文件详解
- README_for_Data_by_progenitor.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含六个创始菌株的表型数据及基因型数据摘要，列信息包括Genotype（创始基因型名称）、Mutation（创始基因型中的突变）、Gene（突变所在基因）、S1-S5（选择系数测量值）等。
- Data_by_progenitor.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含基因型替代率相关数据，列信息包括Genotype（基因型）、Mutation（突变）、Gene（基因）、s1-s5（选择系数）、average_w（平均适合度）、Mean_substitutions（平均替代数）、sdev_substitutions（替代数标准差）、n（样本量）、Total_subs（总替代数）、mean_Nc（平均有效种群大小）、Nc_SE（有效种群大小标准误）、log(Nc)（有效种群大小对数）、m_per_107_cip（每10^7个碱基对的突变率）、Upper（上限）、lower（下限）、m_total_cip（总突变率）、Cultures（培养物）、ds_total_of_medians_f（中位数总替代率）等。
- TableS1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：补充表格数据，具体字段未明确说明，推测为实验进化相关的详细数据。
- Fitness_evolved.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含进化种群的适应性数据，列信息包括Population（种群）、S1-S3（选择系数）、W1-W3（适合度）、Progenitor（祖先菌株）、Progenitor_gene（祖先基因）、Progenitor_mutation（祖先突变）、hc_fixed（固定突变数）、hc_poly（多态突变数）、hc_total（总突变数）等。
- MIC-data.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：最小抑菌浓度（MIC）数据，具体字段未明确说明，推测与菌株耐药性相关。
数据来源
Wong and Seguin 2015, “Effects of genotype on rates of substitution during experimental evolution”, Evolution
适用场景
- 分子进化机制研究：探究基因型对分子替代率的影响及潜在遗传机制。
- 适应性进化分析：分析不同基因型背景下大肠杆菌种群的适应性变化及替代率差异。
- 耐药性研究：结合MIC数据探究基因型与大肠杆菌耐药性的关系。
- 进化生物学教学：作为实验进化及分子进化相关课程的教学案例数据。
